逾期自动扣款是否算本金需分情况讨论，具体如下：

1. 合同有明确约定时
   若借款合同或相关协议中明确约定“逾期后自动扣款优先冲抵本金”，则金融机构的扣款行为可直接认定为偿还本金。例如，合同条款写明“逾期利息按日0.05%计算，扣款顺序为本金→利息→费用”，此时扣款性质以合同为准。
   法律依据：根据《民法典》第466条，合同条款是双方权利义务的核心依据，只要约定不违反法律强制性规定（如利率上限），即具有法律效力。

2. 合同无约定或约定不明时
   若合同未明确扣款顺序，根据《民法典》第561条及司法实践，默认扣款顺序通常为：实现债权的费用→违约金→利息→本金。此时逾期自动扣款可能优先冲抵利息或违约金，剩余部分才视为偿还本金。
   例外情形：若借款人能证明金融机构存在故意混淆扣款顺序、损害其利益的行为（如系统设置默认扣利息），可主张按有利于借款人的方式重新计算（参考《九民纪要》第41条）。

3. 特殊场景：金融机构单方规定
   若金融机构在合同外单方声明“逾期扣款优先还本金”（如APP公告），但未通过书面形式与借款人达成合意，该声明可能因未满足“要约-承诺”规则而不生效。此时仍以原合同约定为准。

建议行动：

• 立即查看借款合同中“扣款顺序”“逾期处理”等条款；
  
• 保留扣款记录、合同文本等证据；
  
• 若对扣款性质有异议，可要求金融机构出具书面说明，或通过诉讼主张重新核算本金余额。
  

如有具体合同文本或扣款记录，可进一步向我提供细节，我会帮您分析条款效力及维权路径。