若农村拆违建被判程序不合法，后续程序主要分为行政机关自行纠正、行政相对人申请救济两大方向，具体如下：

一、行政机关自行纠正程序

1. 重新启动合法程序
   行政机关需在判决生效后，严格按照《行政强制法》《城乡规划法》等规定重新履行程序：

   • 调查取证：重新核实违建事实（如建设时间、用途、是否取得许可等），固定证据链；
     
   • 告知权利：向当事人送达《责令限期拆除决定书》，明确告知违法事实、法律依据及救济途径；
     
   • 催告程序：在强制拆除前，需催告当事人自行拆除，并听取其陈述申辩；
     
   • 申请法院强制执行：若当事人拒不拆除，行政机关需向法院申请强制执行，由法院审查后裁定是否执行。
     

2. 赔偿或补偿问题

   • 若原拆除行为已造成当事人财产损失（如合法物品损毁），行政机关可能需依据《国家赔偿法》承担赔偿责任；
     
   • 若违建部分与合法部分混同（如宅基地上房屋部分超建），需区分处理，对合法部分损失可能涉及补偿。

二、行政相对人（当事人）的救济程序

1. 申请行政复议或提起行政诉讼

   • 若对行政机关重新作出的决定不服（如新的限期拆除决定），当事人可在60日内申请复议或6个月内直接起诉；
     
   • 复议或诉讼中，法院将审查新程序是否合法（如是否履行催告、是否保障陈述申辩权等）。
     

2. 要求国家赔偿

   • 当事人可依据《国家赔偿法》第4条，以“违法行政强制”为由，向行政机关提出赔偿申请；
     
   • 若行政机关拒绝赔偿，当事人可在2年内向法院提起行政赔偿诉讼。
     

3. 执行阶段异议

   • 若行政机关申请法院强制执行，当事人可在执行阶段提出异议（如执行标的错误、程序违法等），由法院审查裁定。

三、关键注意事项

1. 程序合法性是核心
   行政机关必须严格遵守“调查-告知-催告-申请执行”的法定流程，任何环节缺失（如未催告直接拆除）均可能导致程序违法。

2. 证据固定至关重要
   当事人需在行政机关重新调查时，积极提供证据证明自身权益（如土地权属、建设时间等），避免因举证不能承担不利后果。

3. 及时行使救济权利
   复议、诉讼、赔偿申请均有法定期限，逾期可能丧失权利，建议当事人密切关注时间节点。

建议：若涉及具体案件，可进一步提供违建类型（如宅基地房屋、养殖场等）、行政机关已履行的程序步骤等信息，以便更精准分析后续程序。