单位里停薪留职的合法性取决于具体的实施方式以及是否符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
双方协商一致且有明确约定：
- 用人单位与劳动者应就停薪留职事宜进行充分沟通和协商，双方自愿达成一致意见，并通过书面协议等形式明确约定停薪留职的期限、双方权利义务等内容。例如，因经营困难进行业务调整时，单位可与员工协商停薪留职，并在协议中约定保留社保缴纳等事项，这样的停薪留职是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。停薪留职协议作为劳动合同的补充或变更，同样需要遵循这一原则。
符合内部规章制度且程序合规：
- 单位内部应有关于停薪留职的合法规章制度，该规章制度的制定程序应合法（如经过民主程序制定、向劳动者公示等）。员工按照规章制度规定的流程申请并获得批准后进行停薪留职，确保程序的合规性。
劳动关系存续且权益得到保障：
- 即使员工停薪留职，其与用人单位之间的劳动关系仍然存续，受《劳动法》保护。单位应确保员工在停薪留职期间的合法权益得到充分保障，如社保缴纳、工龄连续计算等。
违法情形
未经协商擅自决定：
- 用人单位未与劳动者协商，单方强制要求劳动者停薪留职，侵犯了劳动者的合法权益，属于违法行为。劳动者有权拒绝并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
违反法律法规强制性规定：
- 在停薪留职期间，单位停止为员工缴纳社会保险，违反了《社会保险法》的强制性规定。此外，其他任何违反法律法规强制性规定的停薪留职行为，均属违法。
损害劳动者权益的不合理安排：
- 停薪留职期限过长且不合理，或在停薪留职期满后拒绝员工返岗要求等情况，也可能涉嫌违法。劳动者有权要求单位继续履行劳动合同或给予相应的赔偿。
合法解决方案建议
- 若单位面临经营困难或其他需要调整员工工作的情况，应考虑采取其他合法且人性化的解决方案，如调整工作安排、减少工作时间、降低工资等。这些方案需在与员工充分沟通、协商一致的基础上进行，并确保所有措施均符合法律法规的规定，尊重并保障员工的劳动权益。
维权途径
- 若劳动者认为单位的停薪留职安排侵犯了自身合法权益，应先与单位进行沟通协商，尝试通过友好方式解决问题。
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。在维权过程中，劳动者应保留好相关证据，如停薪留职协议、工资单、社保缴纳记录等，以便在需要时提供证明。
综上所述，单位实行停薪留职需严格遵循法律法规的规定，确保双方权益得到妥善保障。在任何情况下，都应尊重并维护劳动者的合法权益，促进和谐稳定的劳动关系。如果您对停薪留职的合法性或具体实施方式有疑问，可以直接向我咨询。