结论：信用卡逾期多年后协商只还本金，还清后五年征信一般可以恢复，但具体恢复情况还需考虑多种因素。以下是对这一问题的详细解答：
一、基本恢复周期
根据《征信业管理条例》第十六条规定，征信机构对个人不良信息的保存期限，自不良行为或者事件终止之日起为5年；超过5年的，应当予以删除。这意味着，从信用卡逾期欠款全部还清之日起，不良信用记录会在个人征信系统中保留5年，5年后才会自动删除，征信可视为恢复到无逾期记录的状态。
举例说明：
假设您的信用卡在2018年1月1日发生逾期，并且一直未还款，直到2023年1月1日才通过协商只还本金的方式还清了全部逾期欠款。那么从2023年1月1日起开始计算，到2028年1月1日，这条逾期记录就会从您的征信报告中删除，您的征信将不再显示此条逾期记录。
二、影响恢复时间的因素
逾期严重程度：
- 如果逾期时间较长或存在多次逾期记录，则会对征信造成更严重的损害，恢复时间也会相应延长。不过，既然您已经通过协商还清了本金，这表明您已经在积极解决逾期问题，这对征信恢复是有利的。
后续信用表现：
- 在逾期还清后，若能够保持良好的信用习惯，如按时还款、避免再次逾期等，将有助于提升个人信用评分，从而加快征信的恢复速度。
- 反之，若在逾期还清后继续出现不良信用行为，则会进一步延长征信的恢复时间。
银行上报与更新机制：
- 银行在每月固定的时间点向央行征信系统上报用户的用卡及还款情况等信息。因此，即使已经还清了逾期款项，银行也需要一定的时间来处理和上报这些信息。
- 此外，由于数据报送和更新的延迟性，征信系统中的信息可能不会立即得到更新。一般来说，这个更新时间可能在一个月到两个月左右。
三、特殊情况处理
- 如果是非本人原因导致的逾期，例如银行系统故障、被他人冒用身份办理信用卡并产生逾期等，您可以向银行提出异议申请，并要求银行进行核实。银行在核实情况属实后，会向征信机构报送更正信息。征信机构在接到报送信息后的20个工作日内，会对个人征信报告进行更正。在这种情况下，逾期记录可能会较快消除，征信也能较快恢复。
四、建议与提醒
保持良好信用记录：
- 持续按时足额还款，避免再次产生逾期等不良记录。这是维护个人信用的基础。
积极使用信用卡：
- 通过正常消费并按时还款来积累良好的信用记录，有助于提升个人信用评分。但需注意合理控制消费额度，避免过度透支。
关注征信报告：
- 定期查询个人征信报告，了解信用状况的变化情况，并及时发现并纠正可能存在的错误或遗漏信息。
谨慎选择第三方服务：
- 在某些情况下，如果急需办理贷款且无法通过异议申请解决不良信用记录问题，您可能会考虑寻找专业的第三方服务公司提供征信修复服务。但需谨慎选择，确保服务的合法性和有效性。
虽然信用卡逾期还清后，征信需要一段时间才能恢复，但通过积极还款、保持良好信用记录以及了解并遵守相关法律法规，您可以逐渐降低逾期记录对信用的负面影响。如果您在征信恢复过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。