针对您提出的“药师短期挂证获利两千元是否会立案”的问题，这确实是一个涉及法律法规和纪律规定的重要议题。以下是我根据相关法律法规和案例，为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确“挂证取酬”的定义。挂证取酬是指行为人将职称、职业资格证书等挂靠至非供职单位名下，实际未到挂靠单位工作而获取报酬的行为。这种行为不仅违反了相关职业资格证书的管理规定，还可能涉及党员干部的廉洁纪律问题。

接下来，我们分析药师短期挂证获利两千元是否构成违规。根据《执业药师注册管理办法》等相关规定，严禁《执业药师注册证》挂靠，持证人注册单位与实际工作单位不符的，由发证部门撤销《执业药师注册证》。这意味着，无论挂证时间长短，也无论获利多少，只要存在挂证取酬的行为，就构成了违规。

至于是否会立案，这取决于多个因素，包括但不限于违规行为的性质、情节严重程度、是否造成不良影响等。从您提供的信息来看，虽然获利金额只有两千元，但挂证取酬行为本身已经违反了相关规定。在实际操作中，纪检监察机关或相关执法部门会根据具体情况进行调查核实，如果确认存在违规行为，且情节严重到需要追究法律责任的程度，那么就有可能会立案处理。

以桂林市纪委监委的案例为例，他们通过大数据监督手段精准锁定了违规“挂证取酬”问题线索，并对相关人员进行了立案查处。这表明，即使挂证时间较短、获利金额不大，但只要存在违规行为，就有可能被查处。

因此，我建议您不要抱有侥幸心理，认为短期挂证获利较少就不会被查处。相反，您应该严格遵守相关法律法规和纪律规定，不要将职业资格证书挂靠至非供职单位名下获取报酬。如果您已经存在挂证取酬的行为，我建议您尽快主动向相关部门说明情况并退缴违规所得，以减轻可能面临的法律责任和纪律处分。

总之，药师短期挂证获利两千元虽然金额不大，但仍然有可能构成违规并面临立案处理的风险。希望您能够认真对待这个问题，严格遵守相关法律法规和纪律规定。