您好，关于“离职证明是否会放在档案里”这个问题，我可以为您详细解答。

首先，离职证明是员工与原用人单位解除或终止劳动关系时，由用人单位出具的一份证明文件。它通常包含了员工的姓名、身份证号码、在原单位的工作时间、职位以及离职原因等关键信息。

在人事档案管理方面，根据《流动人员人事档案管理服务规定》以及相关的档案管理实践，离职证明通常会被视为员工工作经历的一部分，因此有可能被放入个人的人事档案中。特别是当员工离职后，其档案需要转递至新的存档机构（如户籍所在地或新工作单位所在地的人事档案管理机构）时，离职证明作为证明员工工作经历的重要文件，往往会被一并转递并归档。

然而，是否将离职证明放入档案并非绝对，这取决于具体的档案管理规定和用人单位的操作习惯。有些用人单位或档案管理机构可能会要求员工在离职时提供离职证明，并将其作为档案材料的一部分进行归档；而有些则可能不会主动要求或归档离职证明，除非员工或新用人单位有特别的需求。

另外，值得注意的是，即使离职证明被放入了档案，个人也是无法私自查看或提取档案中的材料的。如果需要开具与离职证明相关的证明或文件，可以向存档机构提出申请，由工作人员查阅档案后办理相关服务。

针对您提到的具体情况，如果新入职的单位在查看档案时发现缺少第一家公司的离职证明，并要求提供原件，但第一家公司的离职证明在第二家的入职资料里且第二家公司拒绝提供原件，那么您可以考虑以下几种解决方案：

1. 与第二家公司沟通，说明情况并请求其提供离职证明的复印件或加盖公章的证明文件，以作为档案材料的补充。

2. 如果与第二家公司沟通无果，您可以向原存档机构（如户籍所在地的人事档案管理机构）提出申请，请求其协助联系第一家公司或提供其他证明员工工作经历的方式。

3. 在极端情况下，如果无法通过上述方式获得离职证明或相关证明文件，您可能需要考虑通过法律途径解决争议或寻求其他合法证明员工工作经历的方式。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。