劳务派遣公司是否会扣员工的工资，主要取决于扣除的项目和程序是否符合法律法规和劳动合同的约定。以下从合法与违法两个角度，为您详细分析：
一、合法扣工资的情况
员工个人原因造成损失：
- 若您因本人过错给用工单位或劳务派遣公司造成经济损失，根据相关法律法规和劳动合同约定，派遣公司有权从您的工资中扣除相应的赔偿费用。但扣除条件严格：必须有明确的损失证据，且扣除金额每月不得超过您当月工资的20%，扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
代扣法定费用：
- 劳务派遣公司有义务依法代扣代缴个人所得税和社会保险费（包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等）中应由个人承担的部分。这是基于《中华人民共和国个人所得税法》、《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国社会保险法》等相关法律法规的规定。
二、违法扣工资的情况
随意克扣：
- 派遣公司不得以公司经营效益不好、用工单位未及时付款等不合理借口随意克扣您的工资。此类行为违反了《劳动合同法》等相关法律法规，您有权要求纠正。
超标准扣除：
- 若扣除比例超过您当月工资的20%或扣除后工资低于当地最低工资标准，均属于违法行为。您有权依法要求派遣公司恢复您的应有工资水平。
未履行告知义务：
- 在扣除工资前，派遣公司必须按照劳动合同约定或法律要求向您详细说明扣除的原因、项目和金额。未履行告知义务的扣除行为同样是非法的，您有权提出异议并要求纠正。
额外收取未经同意的费用：
- 除法定允许扣除的费用外，派遣公司不得额外收取“管理费”“服务费”等未经您同意的费用。这是违反《中华人民共和国劳动合同法》及《劳务派遣暂行规定》的行为。
三、劳动者如何应对非法扣工资
与派遣公司协商：
- 首先尝试与派遣公司进行友好沟通，明确指出克扣工资的不合理性，要求其按照法律规定及合同约定足额支付工资。协商过程中，建议通过书面（如邮件）或录音等方式保留证据。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，您可向当地劳动监察大队提交相关证据进行举报。劳动监察部门将依法对派遣公司进行调查处理。投诉时需准备好相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录等。
申请劳动仲裁：
- 如投诉未能解决问题，您可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，需提供充分证据证明存在克扣工资的事实。仲裁委将依法审理并裁决。
向法院起诉：
- 对仲裁结果不服的，您还可向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自身合法权益。
总结：劳务派遣公司扣工资的行为需严格遵守法律法规和劳动合同的约定。作为劳动者，您在面对工资被扣的情况时，应首先判断扣除的合法性，并依法采取相应措施维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。