针对您提出的问题，即别人用您的工厂注册了公司，您应当考虑签订以下类型的合同来保护自己的权益，具体分析如下：

1. 租赁合同：

   • 情况说明：如果对方是租用您的工厂场地来注册公司并开展经营活动，那么您应当与对方签订一份详细的租赁合同。
   • 合同内容：租赁合同中应明确租赁物的名称（即工厂的具体地址和面积）、数量、用途（如办公、生产等）、租赁期限、租金及支付方式、维修责任等关键条款。
   • 法律效果：通过签订租赁合同，您可以确保对方按照约定使用工厂，并按时支付租金，同时明确双方在租赁期间的权利和义务，减少纠纷的发生。

2. 场地使用协议（若非典型租赁关系）：

   • 情况说明：如果对方并非以租赁形式使用您的工厂，而是基于某种合作或特殊关系（如您提供场地作为投资的一部分），那么您可能需要与对方签订一份场地使用协议。
   • 合同内容：场地使用协议应明确场地的使用方式、使用期限、使用费用（如有）、双方的权利和义务、违约责任等。
   • 法律效果：该协议可以确保您对工厂的使用情况有明确的了解，并在对方违反约定时，有依据进行维权。

3. 合作协议（若涉及合作经营）：

   • 情况说明：如果对方使用您的工厂注册公司，并计划与您进行合作经营，那么您应当与对方签订一份合作协议。
   • 合同内容：合作协议中应明确合作的目的、方式、期限、各方的出资比例、利润分配方式、亏损承担方式、管理决策机制等。
   • 法律效果：通过签订合作协议，您可以确保自己在合作中的权益得到保障，避免因为合作过程中的不确定因素而导致损失。

4. 特别注意事项：

   • 核实对方身份和资质：在签订任何合同之前，您都应当核实对方的身份和资质，确保对方是合法注册的公司或个体工商户，并具备开展相关经营活动的资质。
   • 明确违约责任：在合同中，您应当明确约定对方的违约责任，包括违约金、赔偿损失等，以便在对方违反合同时，您能够有依据进行维权。
   • 咨询专业律师（此条根据约束条件调整为）：在签订合同过程中，如果您有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。

行动建议：

• 在签订合同前，务必仔细阅读合同条款，确保所有内容都符合您的意愿和利益。
• 如果可能的话，可以请专业律师对合同进行审查，以确保合同的合法性和有效性。
• 签订合同后，务必妥善保管合同原件，并留存好相关证据（如支付凭证、沟通记录等），以备不时之需。