加班变调休是否合法，需结合工时制度、加班时间及双方约定综合判断。以下是详细分析：
一、工时制度对加班调休的影响
标准工时制
- 休息日加班：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这意味着，在休息日加班，用人单位可以优先选择安排调休，这是合法的。但如果未安排调休，则需支付加班费。
- 工作日加班：对于工作日（周一至周五）的加班，法律并未赋予用人单位通过调休来替代支付加班工资的权利。用人单位必须支付不低于工资百分之一百五十的加班工资，不能以调休作为补偿。
- 法定休假日加班：法定休假日是国家规定的全体公民放假的节日，具有特殊的纪念意义和社会公共属性。在法定节假日安排劳动者加班，用人单位必须支付三倍工资，且之后即便安排调休，也不能免除支付三倍工资的责任。因此，在法定休假日加班时，调休是不合法的。
综合计算工时制
- 在综合计算周期内，若总实际工作时间未超法定标准，则超时部分视为延长工作时间，应支付加班费；不存在单独调休问题。
- 若在法定休假日工作，应支付不低于工资的300%作为加班费，不能用调休替代。
不定时工时制
- 一般不执行加班工资规定，不存在加班调休问题。
- 部分地区（如上海）对法定休假日加班有特别规定，需按当地法律执行。
二、双方约定的作用
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同或相关协议中明确约定了加班可以换算为调休，并且这种换算方式不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。但这种约定不能违反法律对加班时间、加班费支付等强制性规定。
三、实际操作建议
- 明确约定：用人单位和劳动者在签订劳动合同时，应明确约定加班和调休的相关事宜，包括适用哪种工时制度、加班费的支付方式、调休的具体安排等，以避免后续纠纷。
- 遵守法规：双方都应严格遵守相关法律法规的规定，确保加班和调休的合法性，维护劳动关系的和谐稳定。
四、可能遇到的法律后果
- 如果用人单位违反法律规定，未支付加班费或未安排调休，劳动者可以向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付加班费或安排调休。
- 如果用人单位的违法行为给劳动者造成损失的，还应承担赔偿责任。
总结来说，加班变调休的合法性需综合考虑工时制度、加班时间及双方约定等多个因素。在实际操作中，建议用人单位和劳动者遵循上述建议，以确保加班和调休的合理安排和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。