合作协议中收取服务费是否合法，这主要取决于合作协议的具体内容以及相关法律法规的规定。在一般情况下，如果合作协议是双方真实意思的表示，且服务费的收取不违反法律法规的强制性规定，那么收取服务费是合法的。以下从几个不同角度进行分析：
合同自由原则：
- 根据合同法的相关规定，合同双方有权在平等、自愿的基础上协商确定合同的内容，包括服务费的收取。因此，如果合作协议中明确约定了服务费的收取方式和标准，且双方对此均无异议，那么这种约定是有效的，收取服务费也是合法的。
法律法规的强制性规定：
- 虽然合同双方有权自由约定合同内容，但这种约定不得违反法律法规的强制性规定。例如，如果服务费的收取标准过高，超出了市场合理范围，或者存在欺诈、胁迫等违法行为，那么这种约定可能是无效的，收取服务费也可能被认定为不合法。
- 此外，某些特定行业或领域可能对服务费的收取有专门的法律法规进行规范，如金融、医疗等。在这些情况下，合作协议中服务费的收取必须符合相关法律法规的规定，否则可能面临法律风险。
公平合理原则：
- 合作协议中的服务费收取应当遵循公平合理原则。如果服务费的收取明显不合理，损害了其中一方的利益，那么这种约定可能被视为显失公平，从而面临被撤销或变更的风险。
法律建议：
- 在签订合作协议前，双方应充分协商并明确服务费的收取方式和标准，确保约定合法、合理且明确无误。
- 如果对服务费的收取存在疑问或争议，建议咨询专业律师或相关机构进行法律评估，以确保合作协议的合法性和有效性。
- 在合作过程中，双方应严格按照合作协议的约定履行义务，避免因服务费收取问题引发不必要的法律纠纷。
可能的法律后果：
- 如果合作协议中服务费的收取被认定为不合法或无效，那么收取服务费的一方可能需要退还已收取的费用，并可能面临赔偿损失等法律责任。
- 如果因服务费收取问题引发法律纠纷，双方可能需要通过诉讼或仲裁等方式解决争议，这将耗费大量的时间、精力和金钱。
因此，在签订合作协议时，双方应谨慎对待服务费的收取问题，确保约定合法、合理且明确无误。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。