针对您提出的“双方协议的违约金高于本金能合法有效吗”这一问题，我将结合相关法律法规和实际情况，为您进行详细解答。

首先，我们要明确的是，双方协议中的违约金条款，在遵循自愿、平等、公平原则且不违反法律法规强制性规定的前提下，是合法有效的。这主要依据的是《中华人民共和国民法典》中关于违约金的相关规定，该法条明确允许当事人约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。

然而，关于违约金的数额，法律也给出了相应的限制和原则。具体来说：

1. 合理性原则：违约金的数额应当合理，不得过分高于或低于因违约所造成的实际损失。这是为了确保违约金的设定既能够起到惩罚违约方、补偿守约方的作用，又不会过分加重违约方的负担，造成不公平的结果。如果约定的违约金过高或过低，人民法院或仲裁机构有权根据当事人的请求进行适当调整。

2. 实际损失为依据：在判断违约金是否过高时，通常会以违约所造成的实际损失为基准。如果违约金数额明显高于实际损失，那么可能会被视为过高，从而面临被调整的风险。

针对您提出的具体问题，“违约金高于本金”是否合法有效，这并没有一个绝对的答案。因为是否合法有效，取决于该违约金数额是否过分高于因违约所造成的实际损失。如果本金代表了合同的主要价值或标的额，而违约金数额虽然高于本金，但并未过分超出违约所造成的实际损失（例如，违约导致了额外的重大损失或机会成本等），那么这样的违约金条款仍然可能是合法有效的。但如果违约金数额过高，明显超出了违约所造成的实际损失，那么违约方就有权请求人民法院或仲裁机构进行适当减少。

实际应用中的建议：

• 在签订协议时，双方应充分考虑违约金的合理性，避免过高或过低的约定。可以基于合同的主要价值、预期利益、可能的风险等因素来综合确定违约金的数额。
• 明确约定违约金的数额、计算方式及适用条件，确保条款的清晰性和可操作性。这有助于减少未来可能因违约金条款不明确而产生的法律纠纷。
• 在遇到违约金争议时，双方应首先尝试通过协商、调解等方式解决。如果无法达成一致，再寻求法律途径解决，如诉讼或仲裁等。

综上所述，双方协议中的违约金条款在符合法律法规和公平原则的前提下是合法的。但具体到“违约金高于本金”是否合法有效，则需要根据违约所造成的实际损失来判断。双方在签订协议时应谨慎约定违约金的数额和条件，以确保其合理性和可执行性。