合同纠纷申请仲裁的流程主要包括以下几个步骤：

一、确认仲裁协议的有效性

在申请仲裁前，首先要确认合同中是否包含明确、有效的仲裁条款，或者双方是否另行签订了有效的仲裁协议。这是申请仲裁的基础，没有有效的仲裁协议，仲裁机构将不会受理仲裁申请。仲裁协议应明确请求仲裁的意思表示、仲裁事项以及选定的仲裁委员会。例如，合同中约定“因本合同引起的争议提交XX仲裁委员会仲裁”，这样的条款就是有效的仲裁协议。

二、准备仲裁申请材料

1. 仲裁申请书：需要详细列明申请人、被申请人的信息，仲裁请求，事实与理由。仲裁请求应明确具体，事实与理由部分要充分阐述纠纷的起因、经过和结果，以及申请人认为被申请人应承担的责任。
2. 证据材料：收集并整理支持仲裁请求的证据，确保证据的真实性、关联性和合法性。证据可以包括合同文本、交付凭证、往来函件、付款记录等。
3. 其他文件：包括主体资格证明（如营业执照、身份证等）、授权委托书（如有代理）等。

三、提交申请与仲裁机构审查

1. 选择仲裁机构：根据仲裁协议，向选定的仲裁委员会提交申请材料。
2. 审查受理：仲裁机构会对仲裁协议的有效性、申请材料的完整性以及受理范围进行审查。如果符合受理条件，仲裁机构会发出受理通知书，并通知当事人；如果不符合受理条件，仲裁机构会书面通知不予受理，并说明理由。

四、组成仲裁庭

1. 仲裁庭形式：仲裁庭可以由一名仲裁员（独任仲裁庭）或三名仲裁员（合议仲裁庭）组成。
2. 选定仲裁员：双方当事人可以在规定期限内约定仲裁庭的组成方式，并选定仲裁员。如果未能在规定期限内约定，则由仲裁委员会主任指定。在选定仲裁员时，应确保仲裁员与本案无利害关系，以保证仲裁的公正性。

五、开庭审理

1. 开庭通知：仲裁庭会确定开庭日期，并提前通知双方当事人。
2. 庭审程序：包括宣布开庭、陈述与辩论、调查与询问、和解与调解等环节。在庭审过程中，双方当事人可以就案件事实、法律适用等问题进行辩论，阐述观点和理由。
3. 证据保全：如果证据可能灭失或以后难以取得，当事人可以在仲裁过程中申请证据保全。

六、作出裁决

1. 裁决制作：仲裁庭会根据查明的事实和法律规定作出裁决。裁决应按照多数仲裁员的意见作出，如果无法形成多数意见，则按照首席仲裁员的意见作出。
2. 裁决书内容：裁决书应包括仲裁请求、争议事实、裁决理由、结果以及费用承担等。
3. 法律效力：裁决书自作出之日起生效，对双方当事人具有约束力。

七、裁决执行

1. 自觉履行：当事人应自觉履行裁决所确定的义务。
2. 强制执行：如果一方当事人不履行裁决，另一方当事人可以向有管辖权的人民法院申请强制执行。

在申请仲裁过程中，还需要注意以下几点：

1. 仲裁费用：申请人需要预缴仲裁费用，仲裁费用通常根据案件金额按比例收取。一般来说，仲裁费用由败诉方承担，但具体承担方式可以在仲裁协议中约定。
2. 仲裁协议的有效性：如果仲裁协议无效或不明确，可能会影响仲裁的进行和裁决的效力。因此，在签订合同时，应确保仲裁协议的有效性。
3. 专业协助：由于仲裁过程涉及复杂的法律程序和专业知识，建议当事人在申请仲裁前咨询专业律师，以确保自身权益得到有效维护。

希望以上内容能对你有所帮助。如果你在合同纠纷申请仲裁过程中遇到任何问题，或者需要进一步的法律咨询，都可以直接向我提问。