公司起诉个体户时，管辖权的确定主要依据被告住所地或合同履行地，有特殊约定或专属管辖情形的除外。具体分析如下：

1. 一般地域管辖原则
   根据《民事诉讼法》第二十二条，对公民（包括个体户经营者）提起的诉讼，由被告住所地法院管辖。若个体户有经常居住地（离开住所地连续居住1年以上），则由经常居住地法院管辖。例如，个体户经营者户籍在A地，但长期在B地经营，则B地法院有管辖权。

2. 合同纠纷的特殊规则
   若案件涉及合同纠纷，根据《民事诉讼法》第二十四条，被告住所地或合同履行地法院均有管辖权。合同履行地的确定需结合合同履行特征：

   • 货币给付类合同（如买卖合同）：接收货币一方所在地为合同履行地（通常为原告所在地）；
     
   • 交付货物类合同：货物送达地或实际履行地为合同履行地；
     
   • 服务类合同：提供服务一方所在地为合同履行地。
     例如：公司（原告）与个体户（被告）签订货物买卖合同，约定个体户送货至公司所在地，但个体户未履行。此时公司可选择向个体户住所地或公司所在地（合同履行地）法院起诉。

3. 协议管辖的优先适用
   若双方在合同中明确约定了管辖法院（如“发生争议由甲方所在地法院管辖”），且该约定不违反级别管辖和专属管辖规定，则以约定为准。但需注意：

   • 协议管辖需采用书面形式；
     
   • 不得违反专属管辖（如不动产纠纷由不动产所在地法院管辖）；
     
   • 不得违反级别管辖（如本应由基层法院审理的案件约定由中级法院管辖）。

4. 专属管辖的例外情形
   若案件属于以下类型，则适用专属管辖规则，不受一般地域管辖和协议管辖限制：

   • 不动产纠纷：由不动产所在地法院管辖；
     
   • 港口作业纠纷：由港口所在地法院管辖；
     
   • 继承遗产纠纷：由被继承人死亡时住所地或主要遗产所在地法院管辖。
     例如：公司起诉个体户返还租赁的商铺，因涉及不动产，应由商铺所在地法院管辖。

建议：若公司拟起诉个体户，需先明确案件性质（合同纠纷/侵权纠纷等），再结合被告住所地、合同履行地、协议管辖或专属管辖规则确定管辖法院。如有疑问，可进一步提供案件细节，我将为您具体分析。