结论：公司若想承担有限责任并设立两个股东，选择以自然人还是有限公司作为股东，需根据公司的具体需求和战略规划来决定，两者各有利弊。以下是对两种方式的详细分析：
以自然人作为股东
法律关系简单：
- 自然人作为股东，其法律关系相对简单明了，易于理解和操作。股东之间的权利义务关系直接由公司章程和法律法规规定，减少了因股东身份复杂而可能产生的法律纠纷。
决策效率较高：
- 自然人股东通常能够更直接地参与公司决策，决策过程相对迅速，有助于公司快速响应市场变化。
税务处理简便：
- 自然人股东在税务处理上相对简便，通常只需按照个人所得税法规定缴纳个人所得税，无需像公司股东那样进行复杂的税务筹划和申报。
潜在风险：
- 自然人股东的个人财产与公司财产在法律上并非完全隔离，若公司出现债务问题，股东的个人财产可能面临被追偿的风险（尽管在有限责任下，这种风险通常限于股东的投资额）。
- 自然人股东的变动（如死亡、离婚等）可能对公司股权结构产生直接影响，需要额外考虑股权继承、分割等问题。
以有限公司作为股东
风险隔离：
- 有限公司作为股东，其最大的优势在于能够实现风险隔离。有限公司的股东以其出资额为限对公司承担责任，公司的债务不会直接波及到股东的个人财产。
便于资本运作：
- 有限公司作为股东，可以更方便地进行资本运作，如股权转让、增资扩股等。这有助于公司吸引更多投资者，扩大规模，提升市场竞争力。
管理结构灵活：
- 有限公司作为股东，其管理结构相对灵活，可以通过公司章程规定股东会、董事会、监事会的职权和议事规则，实现公司治理的现代化和规范化。
潜在复杂性和成本：
- 有限公司作为股东，其设立和运营需要遵守更多的法律法规和监管要求，如公司登记、年检、税务申报等，这可能增加公司的运营成本和复杂性。
- 有限公司作为股东，其股权变动（如转让、增资等）需要遵循更严格的法律程序和规定，可能涉及更多的法律文件和审批流程。
综合建议
- 若公司注重决策效率、税务处理简便且股东关系相对简单，选择以自然人作为股东可能更为合适。
- 若公司希望实现风险隔离、便于资本运作且管理结构灵活，则选择以有限公司作为股东可能更为有利。
最后，无论选择哪种方式作为股东，都建议公司在设立前充分咨询专业律师的意见，制定完善的公司章程和股东协议，明确股东之间的权利义务关系，以降低未来可能出现的法律纠纷和风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。