若和解协议中部分内容因法律限制或程序要求无法写入法院调解书，您仍可通过以下方式主张权利：

1. 明确区分协议性质与效力
   首先需明确：和解协议与法院调解书是两种不同性质的法律文件。和解协议是双方自愿达成的民事合同，而法院调解书是经司法确认的具有强制执行力的法律文书。若部分内容因违反法律强制性规定（如损害第三人利益、违反公序良俗）或超出法院调解范围（如涉及行政处罚、刑事责任），则无法被法院采纳写入调解书。此时，未被写入调解书的内容仍可能以合同形式存在效力，您可依据《民法典》第465条，通过另行起诉要求对方履行和解协议中的合法约定。

2. 分情况主张权利的路径

   • 情况一：未写入内容不违反法律强制性规定
     若未写入调解书的内容属于双方自愿约定的合法事项（如违约金条款、分期履行方式等），但因程序原因未被法院采纳（如法院认为无需通过调解书确认），您可直接依据和解协议向对方主张权利。若对方拒不履行，可向法院提起民事诉讼，要求对方承担违约责任，并提交和解协议作为关键证据。
     
   • 情况二：未写入内容涉及第三方权益或需行政确认
     若未写入内容涉及第三方权益（如债权转让需通知债务人）或需行政机关审批（如房产过户需完成登记），您需先完成法定程序（如通知债务人、办理行政审批），再依据完成程序后的权利凭证（如债权转让通知回执、房产证）主张权利。若对方阻碍程序履行，可起诉要求其配合或赔偿损失。
     
   • 情况三：未写入内容因法院调解范围限制
     若未写入内容属于法院调解范围外的事项（如要求对方公开道歉、撤销行政处罚等），您需通过其他法律途径解决。例如，要求公开道歉可提起名誉权纠纷诉讼；要求撤销行政处罚可提起行政复议或行政诉讼。

3. 关键操作建议

   • 保留和解协议原件及履行证据：包括签字盖章的协议文本、转账记录、沟通记录等，以证明协议真实存在且对方未履行。
     
   • 及时与法院沟通：在调解过程中，可向法官说明和解协议的完整内容，争取将尽可能多的条款写入调解书；若部分条款被排除，要求法院在调解书中注明“其他事项按双方和解协议履行”。
     
   • 注意诉讼时效：若需通过诉讼主张权利，需在知道权利被侵害之日起3年内提起诉讼（特殊情形除外），避免因超期丧失胜诉权。

总结：和解协议中未写入法院调解书的内容，其法律效力需分情况判断。若内容合法且不涉及第三方权益，您可直接依据协议主张权利；若涉及程序或范围限制，需通过补充程序或另诉解决。建议根据具体条款性质，选择最有效的维权路径，并提前准备充分证据。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。