在建筑项目中，若发包方和承包方实际为同一公司，通常无法直接签订具有法律效力的三方协议，但可通过以下两种合规方式实现类似功能：

1. 引入独立第三方主体
   若需通过三方协议明确权利义务（如总包-分包-监理关系），必须引入与发包/承包方无关联的独立第三方。例如：
   

• 场景：公司A作为总承包方承接项目后，需将部分工程分包给子公司B，同时委托第三方监理公司C监督质量。
  
• 协议结构：
  
  • 甲方（发包方）：公司A（需以独立法人身份签署，不得与承包方混同）
    
  • 乙方（承包方）：子公司B（需具备独立资质）
    
  • 丙方（监理方）：第三方公司C
    
  • 关键条款：明确三方权利义务边界，避免公司A通过协议条款实际控制丙方，导致监理独立性丧失。

1. 内部协议+外部备案（替代方案）
   若因内部管理需要（如项目部与分公司协作），可通过以下方式实现风险隔离：
   

• 内部协议：公司内部签订《项目管理责任书》，明确内部部门/分公司的权责，但该协议不具有对外效力。
  
• 外部备案：以公司名义统一对外签署双边合同（如与供应商、劳务方签署），并在合同中注明“项目由XX部门/分公司具体执行”。
  
• 风险点：需确保公司具备相应资质，且内部管理不影响对外合同履行，否则可能因“转包”或“挂靠”被行政处罚。

合规风险提示：

• 若发包方与承包方为同一公司，直接签署三方协议可能因“主体混同”导致协议无效，甚至被认定为“虚假招标”或“规避监管”。
  
• 涉及政府投资项目时，需严格遵守《招标投标法》第48条关于“禁止转包”的规定，否则可能面临中标无效、罚款等处罚。
  

建议操作步骤：

1. 明确协议目的（如风险分担、管理优化）；
   
2. 评估是否需要引入独立第三方；
   
3. 咨询律师审核协议主体资质及条款合法性；
   
4. 签署后向相关部门备案（如需）。
   

如有具体协议文本或场景细节，可进一步向我咨询，我会结合《民法典》合同编及《建筑法》相关规定提供针对性建议。