协议是否有效，需结合具体情况判断，但公司文件被废止并不直接导致协议无效。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议签订依据与公司文件的关系
协议签订时，若明确约定了以某份公司文件作为签订依据，这通常意味着双方在签订协议时，认可并愿意受该文件内容的约束。然而，公司文件被废止，并不意味着基于该文件签订的协议也自动失效。因为协议一旦签订，即成为双方之间的法律约束，其效力独立于作为签订依据的公司文件。
二、公司文件废止对协议效力的影响
若协议内容未违反法律法规强制性规定：
- 即使作为签订依据的公司文件被废止，协议本身仍然有效。因为协议的效力取决于其内容是否合法、是否双方真实意思表示，而非仅仅取决于签订依据的文件是否有效。
- 例如，双方签订了一份采购合同，约定以公司某份采购政策文件作为签订依据。后来，该采购政策文件被废止，但采购合同本身并未违反法律法规，且双方均未提出异议，那么该采购合同仍然有效。
若协议内容因公司文件废止而无法履行：
- 在这种情况下，虽然协议本身可能仍然有效，但可能因无法履行而面临解除或变更。此时，双方可以协商解除协议或变更协议内容，以适应新的情况。
- 例如，双方签订了一份合作协议，约定以公司某份业务发展规划文件作为签订依据。后来，该业务发展规划文件被废止，导致合作协议中的某些条款无法履行。此时，双方可以协商解除合作协议或变更相关条款。
若协议中明确约定了公司文件废止时的处理方式：
- 如果协议中明确约定了当作为签订依据的公司文件被废止时，协议应如何处理（如解除、变更、继续履行等），那么双方应按照协议中的约定执行。
- 例如，双方签订了一份租赁合同，约定以公司某份房产使用政策文件作为签订依据，并明确约定当该政策文件被废止时，租赁合同自动解除。那么，当该政策文件被废止时，租赁合同即按照约定自动解除。
三、法律建议
- 审查协议内容：首先，建议您仔细审查协议内容，特别是关于签订依据、效力、履行和变更等方面的条款，以了解协议的具体约定。
- 与公司沟通：如果公司文件被废止对协议履行产生了影响，建议您及时与公司沟通，了解公司的意图和态度，并协商解决方案。
- 寻求法律帮助：如果您在处理协议问题时遇到困难或疑问，建议您寻求专业律师的法律帮助，以确保您的权益得到妥善保护。
总之，协议签订依据的公司文件被废止，并不直接导致协议无效。协议的效力取决于其内容是否合法、是否双方真实意思表示，以及是否违反法律法规强制性规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。