旷工3天扣9天工资是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：

法律依据与劳动报酬保障

根据《中华人民共和国劳动法》和《劳动合同法》等相关法律法规，劳动者的劳动报酬受法律严格保护。用人单位有权根据员工的实际出勤情况支付工资，但不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。具体来说：

• 工资支付原则：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，这是法律的明确规定。用人单位必须遵循这一原则，确保劳动者的劳动报酬得到及时、足额的支付。
• 规章制度合法性：用人单位的规章制度需符合法律规定才具有法律效力。如果规章制度中包含不合理或不合法的条款，如“旷工一天扣三天工资”，在劳动争议仲裁或诉讼中，这些条款可能会被认定无效。因为这样的规定超出了合理范围，构成了对劳动者劳动报酬权益的侵害。

此外，《工资支付暂行规定》第十六条进一步指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这一规定也间接说明了，用人单位不能随意克扣劳动者的工资，即使是因为劳动者旷工给用人单位造成了损失，扣款也需遵循一定的限制。

旷工与工资扣除的关系

旷工是指员工未经批准或未履行请假手续而未到岗上班的行为。对于旷工行为，用人单位有权不支付其未提供劳动期间的工资，但这并不等同于可以进行惩罚性罚款。

• 合理扣款范围：员工工作一天应获得一天的工资，相应地，缺勤一天，用人单位可以不支付当天的工资。这是基于劳动者未提供相应劳动的合理对应措施。然而，规定旷工三天扣9天工资显然超出了这一合理范围，因为这意味着劳动者在未提供劳动的三天外，还额外被扣除了六天的工资，这构成了对劳动者劳动报酬权益的侵害。
• 缺乏事实依据与合理性：用人单位需要证明旷工会给其造成相当于被扣除工资数额的经济损失，否则适用此类处罚没有事实依据。同时，即使存在经济损失，也需要考虑处罚的合理性，不能随意设定高额罚款。

合法扣工资的情形与处理建议

在特定情况下，用人单位可以要求劳动者赔偿因其个人原因造成的经济损失，但必须遵循以下原则：

• 赔偿金额与方式合法：赔偿的金额和方式必须合法，不能损害员工的合法权益。用人单位不能通过随意克扣工资的方式来转嫁其经营风险或惩罚劳动者。
• 赔偿有明确证据支持：赔偿应有明确的证据支持，包括损失的具体金额和计算依据。用人单位需要提供充分的证据来证明其因劳动者旷工而遭受了经济损失，以及该损失与劳动者旷工之间的因果关系。

如果劳动者遇到不合理扣工资的情况，可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 协商解决：首先尝试与用人单位协商解决，要求其按照法律规定支付工资。在协商过程中，劳动者可以明确表达自己的诉求和理由，并寻求用人单位的理解和支持。
2. 投诉与仲裁：如果协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，而劳动仲裁机构则可以依法对劳动争议进行裁决。
3. 法律途径：在必要时，劳动者还可以通过诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。这需要劳动者具备一定的法律知识和诉讼能力，或者寻求专业律师的帮助。

综上所述，旷工三天扣9天工资的做法违反了相关法律法规，用人单位应严格遵守法律规定，确保员工的合法权益得到充分保障。同时，劳动者也应了解自己的权利，并在遇到问题时采取适当的措施进行维权。如果你还有其他关于劳动纠纷的问题，欢迎直接向我咨询。