关于协议内容不一样且时间过去了十几年是否可以鉴定出来的问题，结论是：在特定条件下，是有可能通过专业手段进行鉴定的，但具体能否鉴定以及鉴定的难度和结果会受到多种因素的影响。以下从不同角度为你详细分析：

一、鉴定可能性分析

1. 技术层面：

   • 文件鉴定技术：现代文件鉴定技术，如笔迹鉴定、印刷方式鉴定、纸张成分分析等，可以在一定程度上帮助确定文件的真实性以及是否经过篡改。如果协议是书面形式，且保存状况相对良好，这些技术有可能揭示出协议内容的不一致之处。
   • 电子数据鉴定：如果协议是以电子形式存在，如电子邮件、电子文档等，那么电子数据鉴定技术，如数据恢复、元数据分析等，也可能用于证明协议内容的原始状态或是否被修改。

2. 法律层面：

   • 证据规则：在法律程序中，证据的采纳和认定需要遵循一定的规则。即使技术上能够鉴定出协议内容的不一致，但如果该证据不符合法律规定的证据形式或采集程序，也可能不被法院采纳。
   • 诉讼时效：虽然诉讼时效主要影响的是权利人行使权利的时间限制，但在某些情况下，如果协议争议涉及的权利已经过了诉讼时效，那么即使鉴定出协议内容不一致，也可能无法获得法律上的救济。不过，这并不影响鉴定的技术可能性。

二、鉴定难度和影响因素

1. 保存状况：协议的保存状况对鉴定的难度和结果有重要影响。如果协议已经严重破损、褪色或丢失，那么鉴定的难度会大大增加，甚至可能无法进行。

2. 篡改方式：如果协议内容被以高超的技术手段篡改，且没有留下明显的痕迹，那么鉴定的难度也会相应增加。

3. 时间因素：虽然时间过去了十几年，但这并不直接决定鉴定的可能性。然而，随着时间的推移，协议的保存状况可能会恶化，增加鉴定的难度。同时，如果涉及的技术或标准已经发生了变化，也可能影响鉴定的准确性和可靠性。

三、法律建议

1. 收集证据：如果你怀疑协议内容被篡改或存在不一致之处，首先应尽可能收集与协议相关的所有证据，包括原始协议、相关通信记录、交易记录等。

2. 咨询专业律师：在考虑进行鉴定之前，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据你的具体情况和法律需求，为你提供更具体的法律建议和指导。

3. 选择鉴定机构：如果决定进行鉴定，应选择具有专业资质和经验的鉴定机构进行。同时，应确保鉴定过程符合法律规定的程序和要求，以保证鉴定结果的合法性和有效性。

最后需要强调的是，虽然技术上有可能鉴定出协议内容的不一致之处，但具体能否鉴定以及鉴定的结果会受到多种因素的影响。因此，在处理此类问题时，应综合考虑各种因素，并寻求专业律师的帮助和指导。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。