专利申请委托书盖章后，其性质更倾向于合同而非协议，但具体还需根据委托书的内容和双方的真实意图来判断。以下是对这一问题的详细分析：

一、合同与协议的基本区别

1. 合同：通常指的是双方或多方之间为了设立、变更、终止民事权利义务关系而达成的协议。合同具有法律约束力，一旦签订，双方必须按照合同约定履行各自的义务。
2. 协议：在广义上，协议与合同相似，都是双方或多方之间达成的共识。但在法律语境下，协议可能更侧重于双方就某一事项达成的初步意向或框架性安排，不一定具有法律约束力，或者其约束力相对较弱。

二、专利申请委托书盖章的性质

1. 法律约束力：专利申请委托书一旦盖章，通常意味着双方已经就专利申请的相关事宜达成了共识，并愿意按照委托书的内容履行各自的义务。这种共识和义务具有法律约束力，因此更符合合同的特征。
2. 内容具体性：专利申请委托书通常会详细列明双方的权利和义务，如委托方需要提供的资料、受托方需要完成的任务、费用支付方式等。这种具体性也是合同的重要特征之一。
3. 双方真实意图：判断一份文件是合同还是协议，还需要考虑双方的真实意图。如果双方在盖章时都明确表示愿意将这份文件视为具有法律约束力的合同，那么它就更倾向于是一份合同。

三、特殊情况下的判断

1. 如果委托书内容较为模糊：如果专利申请委托书的内容较为模糊，没有明确列明双方的权利和义务，或者双方在盖章时只是表示了一种初步的合作意向，那么这份文件可能更倾向于是一份协议。
2. 如果双方有另行约定：如果双方在盖章前或盖章后另行签订了补充协议或备忘录，对委托书的内容进行了进一步的明确或修改，那么这份文件的性质可能会受到影响，需要根据补充协议或备忘录的内容来判断。

四、法律建议

1. 明确文件性质：在签订专利申请委托书时，双方应明确文件的性质，是合同还是协议，并在文件中明确表述。这有助于避免后续可能出现的纠纷。
2. 详细列明条款：无论文件是合同还是协议，都应详细列明双方的权利和义务，以及违约责任等条款。这有助于确保双方的权益得到保障。
3. 咨询专业律师：在签订任何具有法律约束力的文件前，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助双方更好地理解文件的性质和后果。

总结来说，专利申请委托书盖章后，其性质更倾向于合同，但具体还需根据委托书的内容和双方的真实意图来判断。在签订文件时，双方应明确文件的性质，并详细列明条款，以避免后续可能出现的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。