生产销售伪劣农药化肥罪中，没收全部收入通常包括底薪，但具体需结合案件细节及法律规定综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律对“没收全部收入”的规定
在刑法中，对于生产销售伪劣产品等犯罪行为，法律往往规定要没收违法所得。这里的“违法所得”，一般指的是犯罪分子通过实施犯罪行为而获得的全部收入，这自然包括了底薪、奖金、提成等所有形式的收入。因为底薪也是犯罪分子因实施犯罪行为（如生产销售伪劣农药化肥）而获得的经济利益的一部分。
二、司法实践中的处理
全面没收原则：在司法实践中，法院通常会遵循全面没收的原则，即没收犯罪分子因犯罪行为而获得的全部收入，以剥夺其犯罪的经济基础，防止其再次犯罪。因此，底薪作为犯罪分子收入的一部分，往往也会被没收。
具体案件具体分析：当然，每个案件都有其独特性。法院在判决时，会综合考虑犯罪分子的犯罪情节、社会危害程度、认罪态度以及退赃情况等因素，来决定是否没收全部收入以及没收的具体数额。如果犯罪分子能够积极退赃，表现出真诚的悔罪态度，法院可能会酌情考虑减轻处罚，包括减少没收的数额。但底薪作为犯罪所得的一部分，通常仍会被纳入没收范围。
三、法律建议
对于犯罪嫌疑人/被告人：如果你或你身边的人涉嫌生产销售伪劣农药化肥罪，建议尽快咨询专业律师，了解具体的法律后果和应对策略。律师可以帮助你分析案件情况，提供法律意见，并代表你与检察机关或法院进行沟通，争取最有利的处理结果。
对于受害者：如果你因购买或使用了伪劣农药化肥而遭受了损失，你可以向相关部门举报犯罪行为，并寻求法律援助来维护自己的合法权益。在举报时，提供尽可能详细的证据和信息，有助于相关部门更快地查处犯罪行为并追回损失。
四、可能的法律后果
如果法院最终判决没收全部收入，那么犯罪分子将失去其因犯罪行为而获得的所有经济利益，包括底薪、奖金、提成等。这将对犯罪分子的经济状况产生重大影响，甚至可能导致其生活陷入困境。因此，在面临此类犯罪指控时，犯罪分子应认真对待，积极配合调查和审判工作，争取减轻处罚。
最后需要强调的是，每个案件都有其独特性，法律后果也会因案件具体情况而异。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。