逾期银行卡被扣的钱是否可以算本金，需分情况讨论，具体如下：

1. 若扣款为银行依据合同约定直接划扣本金
   若您与银行签订的贷款合同或信用卡章程中明确约定，逾期后银行有权直接从您的银行卡中划扣欠款（包括本金、利息、违约金等），且划扣金额中明确标注了本金部分，则被扣的钱中属于本金的部分可直接认定为偿还本金。例如，合同约定“逾期后每日按未还本金的0.05%计收利息，并从绑定账户划扣”，此时划扣金额中本金部分可清晰区分。

2. 若扣款未明确区分本金与利息/违约金
   若银行划扣时未明确说明扣款性质（如仅标注“扣款”或“违约金”），或合同未约定划扣顺序，则需根据《民法典》及相关司法解释处理：

   • 优先抵充利息/违约金：根据《民法典》第五百六十一条，债务人除主债务外还应当支付利息和实现债权的有关费用，给付不足以清偿全部债务的，按“费用→利息→主债务”顺序抵充。因此，若扣款未明确为本金，可能先被认定为偿还利息或违约金，剩余部分才抵充本金。
     
   • 例外情形：若您能证明银行扣款存在错误（如系统故障导致多扣），或合同明确约定“逾期扣款优先抵充本金”，则可主张按约定处理。

3. 若扣款涉及第三方催收或非法操作

   • 第三方催收：若银行委托第三方催收公司扣款，需核实第三方是否获得合法授权。若未授权或扣款超出约定范围（如扣划非借款人账户资金），可能涉及侵权，您可要求返还并主张赔偿。
     
   • 非法操作：若银行或第三方通过非法手段（如盗刷、伪造文书）扣款，您可立即报警并主张全额返还，同时可要求银行承担违约责任。

建议行动：

1. 核查银行扣款记录，确认扣款金额、时间及标注性质；
   
2. 对比贷款合同或信用卡章程，确认扣款是否符合约定；
   
3. 若存在争议，可向银行提出书面异议，要求提供扣款明细及法律依据；
   
4. 必要时通过诉讼或向银保监会投诉维护权益。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。