结论：对方不撤诉并不影响你已还款1000元的事实，你可以通过积极应诉、提供还款证据等方式来维护自己的权益。以下为你详细分析：
一、关于撤诉的法律规定与理解
在民事诉讼中，撤诉是原告的一项权利，但撤诉并非原告单方面可以随意决定的，它通常需要基于一定的理由，并且需要法院的审查与批准。在你所描述的情况下，对方作为原告，即使你已还款1000元，但如果对方认为你尚未完全履行还款义务，或者出于其他考虑，仍然可能选择不撤诉。这并不意味着你无法维护自己的权益，而是需要通过法律程序来进一步解决。
二、你的应对策略
积极应诉：
- 既然对方已经提起了诉讼，你就需要积极准备应诉材料，包括还款记录、转账凭证等，以证明你已经还款1000元的事实。
- 在应诉过程中，你可以向法院说明你的还款情况，以及你目前的经济状况，争取法院的理解与支持。
提供还款证据：
- 还款证据是证明你已经履行部分还款义务的关键。你需要确保提供的证据真实、合法、有效，能够清晰地反映你的还款情况。
- 如果可能的话，你可以尝试与对方协商，看是否能够达成和解协议，从而避免进一步的法律纠纷。
关注诉讼进展：
- 在诉讼过程中，你需要密切关注案件的进展情况，及时了解法院的判决结果。
- 如果法院判决你继续履行还款义务，你需要按照判决结果及时还款，以避免进一步的法律后果。
三、可能的法律后果
如果法院判决你继续还款：
- 你需要按照判决结果及时还款，否则可能会面临强制执行等法律后果。
- 强制执行可能包括冻结你的银行账户、查封你的财产等措施，对你的生活和经济状况产生较大影响。
如果法院认定你已经履行部分还款义务：
- 法院可能会在判决中相应减少你需要还款的金额。
- 这将有助于减轻你的经济负担，并维护你的合法权益。
四、建议与提醒
- 保留好所有还款记录：无论是转账凭证、收据还是其他形式的还款记录，都需要妥善保管，以备不时之需。
- 及时与对方沟通：在诉讼过程中，你可以尝试与对方进行沟通，看是否能够达成和解协议，从而避免进一步的法律纠纷和费用支出。
- 寻求法律帮助：如果你在诉讼过程中遇到任何困难或疑问，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
总之，对方不撤诉并不影响你已还款1000元的事实。你需要通过积极应诉、提供还款证据等方式来维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。