代付协议下开发票是有效的，但需满足一定条件。具体分析如下：
代付协议的法律效力基础
根据《民法典》第465条，依法成立的合同（包括代付协议）对当事人具有法律约束力。若代付协议明确约定由第三方（代付方）向收款方支付款项，且协议内容不违反法律强制性规定（如虚构交易、逃税等），则协议本身合法有效。此时，代付方作为实际付款人，有权要求收款方开具与其支付金额、内容相符的发票。
发票开具的合规性要求
根据《发票管理办法》第19条，销售商品、提供服务的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，应向付款方开具发票。在代付场景中：
- 若代付方为实际付款人：收款方应直接向代付方开具发票，且发票内容需与实际交易一致（如商品名称、数量、金额等）。
- 若委托付款方为合同相对方：需通过协议明确约定“代付不改变发票开具对象”，此时收款方仍应向委托付款方开具发票，但代付方需保留代付协议作为付款凭证。
关键点：发票流向需与资金流向、合同关系一致，避免“三流不一致”（资金流、发票流、货物流）引发的税务风险。
- 实务中的风险防范
- 协议条款设计：代付协议中应明确约定发票开具对象、税率、开票时间等细节，避免歧义。例如：“代付方支付款项后，收款方应在X日内向代付方开具合法有效的增值税专用发票”。
- 税务合规性：若代付涉及跨税目或税率差异（如混合销售），需提前与税务机关沟通，确保发票内容符合税法规定。
- 证据留存：保留代付协议、付款凭证、发票等原件，以备税务检查或纠纷时使用。
总结：代付协议本身不影响发票效力，但需确保协议内容合法、发票开具符合税法规定。若您遇到具体代付场景（如企业间代付、跨境代付等），可进一步提供细节，我将为您分析合规方案。