同村委会不同自然村购买宅基地建房的合法性主要取决于买卖双方的身份、宅基地及房屋的合法性以及是否经过相关审批程序，一般情况下，这种行为可能不合法。以下是对此问题的详细分析：

一、宅基地所有权与流转限制

宅基地的所有权归农村集体所有，而非个人。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，宅基地的转让通常限定在本集体经济组织成员之间。这意味着，即使买卖双方属于同一个村委会，但如果分属不同的自然村，且买方并非卖方所在自然村的集体经济组织成员，那么这种宅基地的买卖行为可能受到限制。这一规定旨在保障农村集体土地权益的完整性，维护农村社会的稳定，并确保本集体成员的居住权益。

二、同村村民之间的宅基地买卖（特殊情况）

虽然一般情况下，宅基地的转让限定在本集体经济组织成员之间，但“同村”在此处的理解应更为精确，即应指的是同一个自然村或同一个集体经济组织内部。如果买卖双方虽然属于同一个村委会，但分属不同的自然村，且买方并非卖方所在自然村的集体经济组织成员，那么这种买卖行为可能并不符合“同村村民之间”的宅基地买卖条件。然而，如果买卖双方能够证明他们属于同一个集体经济组织（尽管分属不同自然村），且符合宅基地申请标准，同时经过了村委会及相关政府部门的批准，那么这种宅基地的买卖在理论上可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需要严格的审批程序。

三、非本自然村村民购买宅基地的法律后果

对于非本自然村村民而言，购买宅基地并建房的行为往往不受法律保护。一旦发生纠纷，如涉及房屋产权争议、拆迁补偿等问题，购买方很难获得法律支持来维护自己的权益。更糟糕的是，相关部门有权认定该买卖和建房行为违法，并可能依法作出拆除房屋等处罚决定，导致购房者遭受重大经济损失。

四、建议与提醒

1. 了解清楚相关法律规定：在购买宅基地建房前，务必了解清楚相关法律规定，确认自己的资格和条件是否符合要求。
2. 咨询专业律师：由于宅基地买卖涉及复杂的法律关系和审批程序，建议咨询专业律师以确保交易的合法有效性和避免未来可能出现的纠纷。虽然此处不直接推荐咨询其他律师，但强调我在房产纠纷领域有丰富经验，可以为你提供专业的法律咨询。
3. 谨慎行事：在交易过程中，务必谨慎行事，确保所有手续齐全、合法，并保留好相关证据和文件。

综上所述，同村委会不同自然村购买宅基地建房的合法性存在不确定性，且往往受到严格限制。为了确保自己的权益得到充分保护，建议你在进行此类交易前务必咨询专业律师并了解清楚相关法律规定。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。