关于房顶租赁光伏发电是否有初装费以及是否合法的问题，可以分两部分来解答：
一、关于初装费
初装费的存在性：
- 房顶租赁光伏发电的初装费并非法律强制规定的费用，其存在与否主要取决于租赁双方（即屋顶所有者与光伏发电项目投资者或运营商）之间的协商和合同约定。
- 在实际操作中，为了覆盖光伏设备的采购、安装、调试等初期成本，投资者或运营商可能会向屋顶所有者提出收取一定的初装费或类似费用。但这并非普遍现象，也非法律要求。
初装费的合法性：
- 如果双方在租赁合同中明确约定了初装费及其金额、支付方式等条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该初装费条款是合法的。
- 如果双方未在合同中约定初装费，而投资者或运营商单方面要求收取，则可能涉及违约或侵权问题，屋顶所有者有权拒绝支付或寻求法律救济。
二、关于合法性
合同层面的合法性：
- 租赁屋顶安装光伏发电，首先必须确保租赁合同的合法性。即租赁双方应签订合法有效的租赁合同，明确租赁范围、期限、租金及双方权利义务等条款。
- 合同中应特别关注关于屋顶使用、改造及光伏设备安装的具体条款，确保这些条款不违反法律、行政法规的强制性规定。
建设审批层面的合法性：
- 安装光伏设施需符合当地城乡规划和建设要求，不得影响城市景观或周边居民权益。因此，在安装前应向当地规划部门咨询并办理相关审批手续。
- 光伏设备的安装必须符合国家和地方的安全与质量标准。安装企业应具备相应资质，光伏设备需通过质量检测。施工过程中应遵循规范，确保光伏设施安全运行。
其他层面的合法性：
- 如果安装的光伏系统需要将电力接入电网，还需按国家规定向当地供电企业提出申请，并办理并网手续。供电企业将对光伏系统进行验收，验收合格后方可正式并网运行。
- 光伏项目的建设和运营应符合环保要求，不得对周边环境造成污染或破坏。需采取相应环保措施，确保设备生产、安装及退役处理等环节均符合环保标准。
综合建议：
- 在考虑房顶租赁光伏发电时，建议屋顶所有者与投资者或运营商进行充分沟通，明确双方的权利义务及费用承担方式。
- 签订租赁合同时，应详细约定关于光伏设备安装、使用、维护、拆除等条款，以及初装费（如有）的金额、支付方式等。
- 在安装前，务必了解并遵守当地法律法规、政策及规划要求，确保合规性并规避潜在法律风险。
- 如遇法律纠纷或疑问，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。