针对1995年非法占地行为在2025年才发现的情形，需结合法律时效性、行政处罚程序及土地管理法规综合处置，具体结论及分析如下：

1. 行政处罚的时效性限制
   根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年。非法占地行为通常属于一般违法行为，若自1995年违法行为发生至2025年已超过20年，行政机关原则上不得再对违法行为人作出行政处罚（如罚款、没收地上建筑物等）。
   例外情形：若违法行为存在连续或持续状态（如长期非法占用土地未恢复原状），时效从行为终了之日起计算。但实践中，非法占地行为通常被认定为“即时完成”的违法行为，难以适用持续状态规则。

2. 土地权利的恢复与追责

   • 土地返还与恢复原状：即使行政处罚时效已过，行政机关仍可依据《土地管理法》第七十七条，责令违法行为人退还非法占用的土地，并要求其自行拆除地上建筑物、恢复土地原状。此措施属于“责令改正”范畴，不受行政处罚时效限制。
     
   • 刑事责任追诉：若非法占地行为构成犯罪（如非法占用农用地罪，需造成农用地大量毁坏），根据《刑法》第八十七条，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年；法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效为十年。1995年的行为若未被立案，至2025年已远超追诉时效，刑事责任不再追究。

3. 历史遗留问题的处理路径

   • 补办用地手续：若非法占地行为符合土地利用总体规划，且符合当前用地政策，违法行为人可依法申请补办用地审批手续，将非法占地转化为合法用地。
     
   • 行政协议或补偿协商：若土地已被政府征收或纳入规划，可与相关部门协商签订行政协议，明确土地返还、补偿或置换等事宜，避免直接强制执行引发纠纷。
     
   • 民事侵权救济：若非法占地行为损害他人合法权益（如相邻权、土地承包经营权），受害方可依据《民法典》提起民事诉讼，要求停止侵害、赔偿损失。此途径不受行政处罚时效限制。

4. 实务建议

   • 全面核查证据：收集1995年占地时的土地权属证明、用地合同、规划文件等，明确行为性质及历史背景。
     
   • 主动与行政机关沟通：在行政机关启动调查前，可主动说明情况，争取通过补办手续、协商补偿等方式化解风险。
     
   • 谨慎应对强制措施：若收到《责令改正通知书》或《强制执行决定书》，需在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，避免土地被强制收回或建筑物被拆除。

总结：2025年发现1995年非法占地行为，行政处罚已超时效，但土地返还、恢复原状等措施仍可执行；刑事责任不再追究；可通过补办手续、协商补偿或民事诉讼等途径解决历史遗留问题。具体方案需结合土地性质、规划现状及证据情况综合制定。