招标代理机构选取业主代表是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合法性的一般原则

在招标过程中，招标代理机构作为专业机构，负责招标活动的组织、实施和协调。业主代表作为招标人的代表，参与招标活动，监督招标过程的公正性和透明性。从原则上讲，招标代理机构选取业主代表参与招标活动本身并不违法，但关键在于选取的程序和业主代表的资格是否符合法律法规的规定。

二、选取程序的合法性

1. 公开透明原则：招标代理机构在选取业主代表时，应遵循公开透明的原则，确保选取过程的公正性和公平性。如果选取过程存在暗箱操作、利益输送等违法行为，那么选取的业主代表就不具有合法性。
2. 遵循法定程序：根据相关法律法规的规定，招标代理机构在选取业主代表时，可能需要遵循一定的程序，如发布选取公告、接受报名、组织评审等。如果招标代理机构未按照法定程序选取业主代表，那么选取结果可能无效。

三、业主代表的资格合法性

1. 具备相应资格：业主代表应具备参与招标活动的相应资格，如了解招标项目的相关情况、具备相关的专业知识和经验等。如果业主代表不具备这些资格，那么其参与招标活动的合法性就可能受到质疑。
2. 无利益冲突：业主代表应与招标项目无利益冲突，以确保其能够公正、客观地参与招标活动。如果业主代表与招标项目存在利益关系，如为招标项目的供应商或承包商等，那么其参与招标活动就可能构成利益冲突，影响招标活动的公正性和公平性。

四、具体案例分析

在实际操作中，招标代理机构选取业主代表是否合法，还需要结合具体案例进行分析。例如，如果招标代理机构在选取业主代表时，未按照法定程序进行，或者选取的业主代表与招标项目存在利益关系，那么这种选取行为就可能被认定为违法。相反，如果招标代理机构在选取业主代表时，遵循了公开透明的原则，按照法定程序进行，且选取的业主代表具备相应资格且无利益冲突，那么这种选取行为就是合法的。

五、法律建议

1. 完善选取程序：招标代理机构在选取业主代表时，应制定完善的选取程序，确保选取过程的公开透明和公正公平。
2. 严格审核资格：招标代理机构应对业主代表的资格进行严格审核，确保其具备参与招标活动的相应资格且无利益冲突。
3. 加强监督和管理：招标人应加强对招标代理机构选取业主代表过程的监督和管理，确保选取行为的合法性和合规性。

如果您在招标过程中遇到相关问题，或者对招标代理机构选取业主代表的合法性有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。