项目合作中以项目投资为主占合作份额是合法的，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从不同角度为您详细分析：

一、合法性基础

在项目合作中，各方通过协商确定合作方式、出资比例、利润分配等关键条款，是商业合作中的常见做法。只要这些条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。因此，以项目投资为主占合作份额，本身并不违反法律规定，其合法性主要取决于合作协议的具体内容和各方之间的约定。

二、需满足的条件

1. 合作协议合法有效：

   • 合作协议应明确各方的权利义务，包括出资方式、出资比例、利润分配、风险承担等。
   • 协议内容应真实、合法，不得存在欺诈、胁迫等情形。
   • 协议应经各方签字或盖章确认，以体现各方的真实意愿。

2. 出资方式合法：

   • 出资可以是货币、实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产。
   • 出资方式应符合法律、行政法规的规定，不得以非法财产或非法方式出资。

3. 遵守相关法律法规：

   • 在项目合作过程中，应遵守公司法、合同法等相关法律法规的规定。
   • 如涉及特定行业或领域，还应遵守该行业或领域的特殊规定。

三、可能存在的法律风险及防范

1. 出资不实或抽逃出资：

   • 风险：若一方未按约定出资或抽逃出资，可能影响项目的正常运营，甚至导致项目失败。同时，其他方可能因此承担连带责任。
   • 防范：在合作协议中明确出资方式、出资时间、出资比例等条款，并约定违约责任。同时，加强项目财务管理，确保资金专款专用。

2. 利润分配纠纷：

   • 风险：若合作协议中未明确利润分配方式或比例，可能导致各方在利润分配上产生纠纷。
   • 防范：在合作协议中明确利润分配方式、比例及时间等条款，确保各方对利润分配有明确的预期。

3. 合作协议解除或终止时的纠纷：

   • 风险：在合作过程中，若因各种原因需要解除或终止合作协议，可能因资产分割、债务承担等问题产生纠纷。
   • 防范：在合作协议中明确解除或终止的条件、程序及资产分割、债务承担等条款，确保在解除或终止合作协议时有明确的依据。

四、实际案例参考

假设甲、乙、丙三方共同合作一个房地产开发项目，甲以货币出资占合作份额的60%，乙以土地使用权出资占30%，丙以技术出资占10%。三方签订了详细的合作协议，明确了各方的权利义务、出资方式、利润分配等条款。在项目合作过程中，三方遵守合作协议的约定，项目顺利推进并取得了成功。这个案例中，以项目投资为主占合作份额的做法就是合法且有效的。

总结与建议：

在项目合作中，以项目投资为主占合作份额是合法的，但需确保合作协议合法有效、出资方式合法，并遵守相关法律法规的规定。同时，为防范可能存在的法律风险，建议在合作协议中明确各方的权利义务、出资方式、利润分配等关键条款，并加强项目财务管理和风险控制。如果您在项目合作过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。