结论：承包经营公司的合同可以与股东签订，但需根据具体情况判断合同的效力及可能涉及的法律问题。以下从多个角度进行分析：
一、合同签订的主体资格
股东作为合同一方：股东作为公司的出资人，享有股东权利，包括参与公司管理、分享公司利润等。在法律上，股东具备签订合同的民事行为能力，因此，股东可以作为合同的一方与承包方签订承包经营合同。
公司作为合同一方：承包经营合同通常涉及公司资产的运营和管理，因此，公司本身也是签订此类合同的合适主体。如果股东以公司名义签订合同，需确保有公司的授权或符合公司章程、股东会决议等内部规定。
二、合同内容的合法性
合同条款的合法性：无论合同是与股东还是公司签订，合同条款均需符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定，否则合同可能被认定为无效。
承包经营的合法性：承包经营需符合公司章程、股东会决议等内部规定，且不得损害公司、其他股东或债权人的利益。如果承包经营涉及公司资产的转让、抵押等，还需符合相关法律法规的规定。
三、可能涉及的法律问题
股东代表诉讼：如果承包经营合同损害了公司或其他股东的利益，其他股东可能依据《公司法》的相关规定提起股东代表诉讼，要求承包方或签订合同的股东承担赔偿责任。
合同效力争议：如果合同签订过程中存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，或者合同内容违反法律法规的强制性规定，合同可能被认定为无效或可撤销。此时，可能引发合同效力争议，需要依法解决。
公司治理问题：如果承包经营合同涉及公司重大事项的决策，如公司资产的处置、重大投资等，需符合公司章程、股东会决议等内部规定。否则，可能引发公司治理问题，影响公司的正常运营。
四、法律建议
明确合同主体：在签订承包经营合同时，应明确合同主体是股东还是公司，并确保有相应的授权或内部规定支持。
审查合同条款：仔细审查合同条款，确保合同内容合法、合规，并明确双方的权利和义务。
遵循公司治理规定：如果承包经营合同涉及公司重大事项的决策，应遵循公司章程、股东会决议等内部规定，确保决策的合法性和有效性。
寻求法律帮助：在签订承包经营合同前，建议咨询专业律师，对合同条款进行法律审查，以降低法律风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。