核心结论：在废弃工厂被盗且无直接证据的情况下，处理方式需结合现场勘查、间接证据收集、技术手段应用及法律程序推进等多方面综合考量，具体可从以下角度展开：

1. 立即报警并配合警方调查

• 现场保护：即使工厂已废弃，仍需第一时间保护被盗现场，避免人为破坏或自然因素导致证据灭失（如脚印、工具痕迹、监控覆盖等）。
• 提供线索：向警方详细描述工厂废弃前的使用情况、近期可疑人员或车辆出入记录、周边环境变化等，协助警方缩小调查范围。
• 技术协助：若工厂或周边有公共监控，可申请警方调取录像；若工厂内残留指纹、DNA等生物痕迹，可要求进行技术鉴定。

2. 收集间接证据构建证据链

• 物证关联：若被盗物品有特殊标识（如编号、定制特征），可通过销售记录、物流信息等追踪物品流向，间接证明盗窃事实。
• 证人证言：联系工厂原员工、周边居民或环卫工人，询问是否目击可疑行为或听到异常声响，形成证人证言。
• 行为模式分析：结合盗窃时间、手法（如破坏门窗方式）、目标物品类型等，推断嫌疑人特征，为警方提供侦查方向。

3. 申请司法鉴定或专家辅助

• 损失评估：委托专业机构对被盗物品价值进行评估，明确损失金额，为后续民事赔偿或刑事立案提供依据。
• 痕迹鉴定：若现场残留工具痕迹、轮胎印等，可申请司法鉴定机构分析作案工具类型，辅助锁定嫌疑人。
• 电子数据恢复：若工厂原有监控或电脑被破坏，可尝试恢复被删除的数据，可能获取关键证据。

4. 民事赔偿与刑事追责并行

• 民事途径：若能通过证据链证明盗窃事实（如间接证据形成高度盖然性），可向法院提起民事诉讼，要求侵权人赔偿损失。
• 刑事报案：根据《刑法》第二百六十四条，盗窃公私财物数额较大或多次盗窃的，可构成盗窃罪。即使无直接证据，若间接证据充分，警方仍可能立案侦查。
• 自诉救济：若公安机关不予立案，可向检察院申请立案监督，或直接向法院提起刑事自诉（需符合自诉案件条件）。

5. 预防性措施降低未来风险

• 加强安保：在工厂周边安装监控、围栏或报警装置，定期巡查，减少再次被盗可能。
• 法律告知：在工厂显眼位置张贴“禁止入内”“已报警”等警示标识，对潜在侵权人形成心理威慑。
• 产权明确：若工厂产权存在争议，需尽快通过法律程序确认权属，避免因产权不清影响维权。

温馨提示：证据收集需严格遵循法定程序，避免自行取证导致证据无效。若对证据效力或法律程序有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业建议。