当行政机关收到法院的诉讼通知时，应按照以下步骤和注意事项进行处理，以确保诉讼程序的合法性与正当性，并维护自身的合法权益：
一、确认通知方式与内容
首先，行政机关需要确认法院是通过何种方式送达的诉讼通知，这通常包括直接送达、留置送达、邮寄送达、电子送达、委托送达、转交送达或公告送达等。在确认送达方式的同时，行政机关应仔细阅读诉讼通知的内容，包括起诉状副本、开庭传票等关键信息，以了解原告的诉求、指控内容以及庭审的时间、地点等。
二、准备应诉材料
根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，行政机关在收到起诉状副本后，有义务在十五日内向人民法院提交作出行政行为的证据和所依据的规范性文件，并提出答辩状。因此，行政机关应尽快组织相关人员，收集、整理并提交相关证据材料，同时撰写答辩状，对原告的诉求进行回应和反驳。
三、参加庭审活动
行政机关应按照诉讼通知中规定的时间、地点参加庭审活动。在庭审过程中，行政机关应积极行使自身权利，如陈述、申辩、举证、质证等，以维护自身的合法权益。同时，行政机关也应尊重法庭的权威，遵守庭审纪律，确保庭审活动的顺利进行。
四、关注后续程序
除了参加庭审活动外，行政机关还应关注后续的诉讼程序，如判决、裁定等。如果行政机关对判决、裁定不服，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。同时，行政机关也应履行判决、裁定所确定的义务，如赔偿损失、撤销行政行为等。
五、法律依据与保障
行政机关在处理诉讼通知时，应严格遵循《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释的规定。这些规定不仅明确了法院通知行政机关的方式、时限和程序，还保障了行政机关的合法权益，如答辩权利、上诉权利等。因此，行政机关应充分了解并利用这些法律依据，以维护自身的合法权益。
六、注意事项
综上所述，行政机关在收到法院的诉讼通知后，应确认通知方式与内容、准备应诉材料、参加庭审活动、关注后续程序，并严格遵循法律依据与保障措施。通过积极、专业的应对，行政机关可以维护自身的合法权益，确保诉讼程序的公正、高效和有序进行。