关于城管查处历史存量违建时采取整治保留是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体的法律法规、地方政策以及违建的具体情况来综合判断。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律法规依据
国家层面：虽然国家没有直接针对历史存量违建整治保留的统一法律，但《城乡规划法》、《土地管理法》等相关法律对违法建筑的处理有原则性规定，强调了对违法建筑的查处和整改。
地方层面：各地根据实际情况，制定了更为具体的处理历史存量违建的政策和实施细则。例如，您提到的《深圳市光明区农村城市化历史遗留产业类和公共配套类违法建筑处理实施细则》，就明确规定了产业类和公配类历史违建的处理程序，包括整治保留的条件和程序。
二、整治保留的合法性条件
符合规划要求：历史存量违建若经过整改后能够符合当地的城乡规划要求，且不影响城市整体风貌和公共安全，那么整治保留是可能的。
安全评估合格：违建必须经过专业的安全评估，确保结构安全，不会对周边环境和人员造成安全隐患。
缴纳相关费用：根据地方政策，违建当事人可能需要缴纳地价、罚款等费用，作为整治保留的条件之一。
办理相关手续：整治保留的违建需要办理房屋安全鉴定、消防验收或备案等手续，确保符合相关法规要求。
三、具体案例分析
以您提供的两个案例为例：
静安城管查处擅自拆改优秀历史建筑案：此案例中，违建行为涉及对优秀历史建筑的擅自拆改，严重破坏了建筑的历史风貌和承重结构。因此，城管部门依法进行了查处，并要求当事人恢复原状。这种情况下，整治保留显然是不合法的，因为违建行为已经对公共利益造成了严重损害。
深圳市光明区农村城市化历史遗留产业类和公共配套类违法建筑处理案：此案例中，光明区制定了具体的实施细则，明确了产业类和公配类历史违建的处理程序。对于符合规划要求、安全评估合格且缴纳相关费用的违建，可以依法进行整治保留。这种情况下，整治保留是合法的，因为符合地方政策和法规要求。
四、结论与建议
综上所述，城管查处历史存量违建时采取整治保留是否合法，取决于违建的具体情况、是否符合规划要求、安全评估是否合格以及是否办理了相关手续等因素。因此，我建议您：
了解当地政策：首先了解您所在地区关于历史存量违建处理的具体政策和实施细则。
咨询专业部门：如有需要，可以咨询当地城管部门或规划部门，了解违建整治保留的具体条件和程序。
积极配合整改：如果您的违建符合整治保留的条件，应积极配合相关部门进行整改，办理相关手续，确保合法合规。
希望以上解答能够对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告知。