在工程违法转包的情况下，总包单位通常仍需承担付款责任，但具体责任范围和承担方式需根据转包合同的效力、实际施工情况及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
1. 违法转包的法律定性
根据《中华人民共和国民法典》第七百九十一条及《建筑法》第二十八条，违法转包是指承包单位将承包的全部工程或主体结构工程转包给无资质或不具备相应条件的单位或个人。此类转包合同因违反法律强制性规定，通常被认定为无效。
2. 总包单位的付款责任
合同无效但工程验收合格：
若转包后的工程经竣工验收合格，根据《民法典》第七百九十三条，实际施工人（转包后的承包方）有权请求参照合同约定支付工程价款。此时，总包单位作为原合同相对方，仍需向实际施工人承担付款责任，但可向违法转包的受让方追偿。
合同无效且工程未验收合格：
若工程未验收合格，总包单位可能无需支付全额工程款，但需承担修复费用或按过错比例分担损失。例如，若转包导致质量问题，总包单位可能需与实际施工人共同承担赔偿责任。
总包单位与发包方的关系：
根据《建筑法》及相关司法解释，发包方仅在欠付工程款范围内对实际施工人承担责任。若发包方已全额支付总包单位，总包单位仍需独立向实际施工人付款，无法以“已向转包方支付”为由抗辩。
3. 实际施工人的权利保护
直接起诉总包单位：
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第四十三条，实际施工人可突破合同相对性，直接起诉总包单位要求支付工程款，但需以转包合同无效且工程验收合格为前提。
与转包方的连带责任：
若转包方（即总包单位的违法受让方）参与施工管理或收取管理费，实际施工人可要求其与总包单位承担连带付款责任。
4. 总包单位的抗辩与风险防范
抗辩理由：
总包单位可主张转包合同无效、实际施工人未完成工程、工程质量不合格等理由抗辩付款责任，但需提供充分证据（如验收报告、质量鉴定意见等）。
风险防范建议：
5. 特殊情形：表见代理的认定
若实际施工人以总包单位名义对外采购材料或租赁设备，且相对方有理由相信其有权代理（如持有总包单位项目章、授权书等），总包单位可能需承担表见代理责任，即向第三方支付款项后，再向实际施工人追偿。
总结：工程违法转包后，总包单位通常无法完全免除付款责任，但可通过法律途径向转包方追偿或主张抗辩。建议总包单位在转包前评估法律风险，并在纠纷发生时及时咨询专业律师，制定应对策略。如有具体案件细节，可直接向我咨询进一步分析。