结论前置：孕妇旷工三天是否算自动离职，并没有一个固定的法律标准，而是取决于用人单位依法制定的规章制度或劳动合同中的具体规定，同时需严格遵守劳动法对孕期女职工的特别保护规定。
一、用人单位规章制度与劳动合同的约定
规章制度的制定与效力：
- 用人单位有权根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条的规定，建立和完善劳动规章制度，包括旷工的处理规定。
- 规章制度必须合法、合规，且经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并向劳动者公示或告知，才能作为处理劳动关系的依据。
劳动合同的约定：
- 劳动合同是用人单位与劳动者之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 如果劳动合同中明确规定了旷工达到一定天数（如三天）即视为自动离职或用人单位有权解除劳动合同，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以依据劳动合同的约定进行处理。
二、对孕妇的特殊法律保护
规章制度的合法性要求：
- 在处理孕妇旷工问题时，用人单位的规章制度必须符合法律法规，特别是要考虑到对孕期女职工的特殊保护。
- 如果规章制度本身不合法或制定程序有瑕疵，如未经民主程序制定、未向劳动者公示等，则不能作为解除劳动合同的依据。
解除劳动合同的合理性原则：
- 即使孕妇存在旷工行为，用人单位在解除劳动合同时也需考虑其特殊性。如孕妇因怀孕身体不适等客观原因偶尔旷工，并已及时向单位说明情况，用人单位直接以旷工为由解除劳动合同可能会被认定为违法。
- 用人单位应尝试与孕妇沟通，了解旷工原因，并给予合理的解释和改正机会。
特殊保护权益：
- 孕期女职工享有特殊的法律保护，包括不得随意解雇等。因此，在处理孕妇旷工问题时，用人单位应更加谨慎，确保不违反相关法律规定。
三、违法解除的后果
- 如果用人单位违法解除与孕妇的劳动合同，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条的规定，孕妇有权要求继续履行劳动合同；若劳动合同已无法继续履行或孕妇不要求继续履行，用人单位需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
- 赔偿金的计算依据劳动者在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。
四、实际操作建议
明确规章制度：
- 用人单位应在规章制度中明确规定旷工的定义、处理流程及后果，并确保规章制度的合法性与公示性。
合理沟通与处理：
- 面对孕妇旷工情况，用人单位应首先尝试与其沟通，了解旷工原因，并给予合理的解释和改正机会。
遵守法律规定：
- 在处理孕妇旷工问题时，用人单位必须严格遵守劳动法及相关法律法规，确保不侵犯孕妇的合法权益。
寻求专业法律意见：
- 如遇复杂或争议情况，建议用人单位及时咨询专业法律人士（如我），以确保处理的合法性与合理性。
总结：孕妇旷工三天是否算自动离职，需综合考虑用人单位的规章制度、劳动合同约定以及劳动法对孕期女职工的特别保护规定。在实际操作中，用人单位应确保规章制度的合法性与公示性，合理沟通与处理旷工问题，并严格遵守法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。