您好，关于您提出的“公积金按照最低标准缴纳是否合法”的问题，这需要根据具体的法律法规和地方政策来综合判断。以下是我为您提供的详细解答：

首先，根据《住房公积金管理条例》以及建设部、财政部、中国人民银行关于住房公积金管理的相关指导意见，单位和职工应当按照规定的比例缴存住房公积金。这个比例通常有一个下限和上限，比如不应低于5%，原则上不高于12%。这是为了保障职工的住房权益，确保公积金制度的公平性和可持续性。

关于缴存基数，原则上，缴存住房公积金的月工资基数不应超过职工工作地所在设区城市统计部门公布的上一年度职工月平均工资的2倍或3倍（具体标准由各地根据实际情况确定）。同时，职工月平均工资应按国家统计局规定列入工资总额统计的项目计算。这意味着，公积金的缴存基数并不是可以随意设定的，而是需要有一定的依据和标准。

现在，针对您提到的“公司用最低工资标准来缴纳公积金”的情况，这并不一定合规。因为最低工资标准只是保障职工基本生活的最低标准，并不等同于公积金的缴存基数。如果公司仅仅以最低工资标准作为公积金的缴存基数，而忽略了职工的实际工资水平，那么这可能违反了公积金缴存的相关规定。

另外，对于深户（即深圳市户籍的职工）的公积金缴纳基数和比例，深圳市住房和建设局等相关部门会有具体的规定和标准。这些规定和标准通常会考虑到深圳市的经济发展水平、职工收入水平以及住房市场状况等因素。因此，深户的公积金缴纳基数和比例并不是可以随意设定的，而是需要遵循当地的相关政策和规定。

综上所述，公积金按照最低标准缴纳并不一定合法。公司应当根据职工的实际工资水平和当地的相关政策规定来确定公积金的缴存基数和比例。如果公司存在违规行为，职工可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉和举报，以维护自己的合法权益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。