补充鉴定意见书注明原鉴定意见无效，在符合法定条件和程序的情况下是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法性依据
鉴定程序的法定性：根据相关法律规定，鉴定意见是法定证据种类之一。当原鉴定意见存在瑕疵、错误或者有新的证据出现，足以影响原鉴定意见的准确性时，可以通过补充鉴定或者重新鉴定的方式来纠正或完善。在补充鉴定意见书中注明原鉴定意见无效，实际上是对原鉴定意见的一种法定修正，只要这种修正是基于合法程序和充分理由，就是合法的。
证据规则的适用：在诉讼过程中，证据的采纳和排除都遵循严格的证据规则。如果原鉴定意见因为违反法定程序、鉴定人资质不符、鉴定方法错误等原因而被认定为无效，那么补充鉴定意见书在指出这些问题并说明原鉴定意见无效的同时，提供新的、有效的鉴定意见，是符合证据规则的。
实际操作中的注意事项
程序合规性：补充鉴定必须遵循法定的程序，包括但不限于通知当事人、提供必要的鉴定材料、由有资质的鉴定人进行鉴定等。只有在程序合规的前提下，补充鉴定意见书注明原鉴定意见无效才具有法律效力。
理由充分性：补充鉴定意见书在注明原鉴定意见无效时，必须给出充分的理由。这些理由应该基于事实、法律和科学原理，能够说服法庭和当事人接受新的鉴定意见。
当事人权益保障：在补充鉴定过程中，必须充分保障当事人的知情权、参与权和异议权。当事人有权对补充鉴定的程序、鉴定人的资质、鉴定方法等提出异议，并有权要求重新鉴定或者申请专家辅助人出庭。
可能的法律后果
如果补充鉴定合法有效：那么原鉴定意见将被视为无效，补充鉴定意见将作为新的证据被法庭采纳。这将对案件的审理结果产生重要影响，可能改变原有的判决或者裁定。
如果补充鉴定存在瑕疵或者违法：那么补充鉴定意见书注明原鉴定意见无效的行为可能被视为无效或者被撤销。在这种情况下，原鉴定意见可能仍然具有法律效力，或者需要重新进行鉴定。
建议：在实际操作中，如果你作为当事人或者代理人遇到补充鉴定意见书注明原鉴定意见无效的情况，应该仔细审查补充鉴定的程序、理由和法律依据，确保自己的权益得到充分保障。如果有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。