结论：在对方醉驾且对方住院、您被认定次责的情况下，您方商业险是否赔偿，取决于您投保的商业险险种以及保险合同中的具体条款约定，一般情况下，您投保的第三者责任险会在责任范围内进行赔偿，但若存在免责情形则可能不赔。 以下是详细分析：

若您投保了第三者责任险

1. 正常赔偿情况
   • 第三者责任险主要是保障被保险人或其允许的驾驶人员在使用保险车辆过程中发生意外事故，致使第三者遭受人身伤亡或财产直接损毁，依法应当由被保险人承担的经济责任，保险公司负责赔偿。
   • 在本次事故中，您被认定次责，意味着您需要对事故造成的对方损失承担一定比例的赔偿责任。只要不存在保险合同约定的免责事由，您方的商业第三者责任险就会按照您在事故中所负的责任比例，在保险限额内对对方的合理损失进行赔偿。例如，对方住院产生的医疗费、护理费、误工费等合理费用，在扣除交强险赔偿部分后，剩余部分按照您次责的比例（比如 30%），由商业第三者责任险在限额内赔付。
2. 可能存在的免责情形
   • 保险合同特别约定：有些商业险保险合同中会有一些特别的免责条款，比如对某些特定地区、特定时间段发生的事故免责，或者对特定类型的车辆、特定驾驶行为免责等。如果本次事故触发了这些特别约定的免责条款，那么保险公司可能不会进行赔偿。
   • 车辆未按规定年检等：如果您的车辆没有按照规定进行年检，或者在事故发生时车辆存在其他不符合保险合同约定的使用状态，保险公司也可能依据合同条款拒绝赔偿。
   • 驾驶人存在违法违规行为：虽然对方是醉驾，但如果您作为驾驶人存在如无证驾驶、酒驾、毒驾等违法违规行为，保险公司通常会根据合同约定免除赔偿责任。不过，在您描述的情况中并未提及您有此类行为，但这是商业险常见的免责情形之一，需要留意。

若您投保的是其他商业险险种

如果您投保的不是第三者责任险，而是如车上人员责任险等其他商业险险种，那么一般情况下不会对对方的损失进行赔偿。车上人员责任险主要是保障自己车辆上的乘客和司机在事故中遭受的人身伤亡损失，与对方住院的损失无关。

建议：您可以仔细查看您所投保的商业险保险合同，了解其中的保险责任范围和免责条款。如果对合同条款存在疑问或者与保险公司就赔偿问题产生争议，您可以进一步向我咨询，我会根据具体情况为您提供详细的法律分析和解决方案。