在处理土地违法案件时，国土部门（现自然资源部门）会采取一系列明确且严格的法律手段，以确保土地资源的合法、合规使用，并维护国家及民众的利益。以下是国土部门处理土地违法案件的详细流程：

一、初步调查与责令停止

一旦发现土地违法行为，国土部门会立即进行初步调查，确认违法事实。随后，会向当事人下达《责令停止违法行为通知书》，要求其立即停止正在进行的违法行为，并在规定期限内改正或治理，以恢复土地的合法状态。

二、深入调查与行政处罚

国土部门会进一步深入调查，收集证据，明确违法行为的性质、时间、地点等关键信息。根据调查结果，国土部门会依据相关法律法规，对违法行为进行行政处罚。行政处罚的种类包括：

1. 限期拆除：对于不符合土地利用总体规划，擅自改变农用地为建设用地的违法建筑，国土部门会责令当事人在规定期限内自行拆除，恢复土地原状。
2. 没收建筑物和其他设施：若违法用地行为符合土地利用总体规划但未办理合法手续，国土部门有权没收非法占用的土地上新建的建筑物及其他设施。
3. 罚款：根据《土地管理法》，对非法占用土地的行为，可并处每平方米一定金额的罚款，具体标准依地区差异而定，通常在每平方米10元至30元之间。

三、行政处理与强制执行

除了行政处罚外，国土部门还可能采取以下行政处理措施：

1. 收回土地使用权：对于以出让方式取得土地使用权后满二年未动工开发，或以欺骗等手段非法取得土地使用权的，国土部门可依法收回土地使用权。
2. 闲置土地处置：土地闲置满一年不满两年的，将征缴土地闲置费；闲置满两年且非因不可抗力或政府原因造成的，将无偿收回国有建设用地使用权。

若当事人不履行行政处罚决定且不申请行政复议或提起行政诉讼，国土部门可依法申请人民法院强制执行。强制执行措施包括加处罚款、划拨存款、拍卖查封扣押的财物等。

四、刑事责任追究

对于情节严重、构成犯罪的违法用地行为，如非法占用耕地、林地等农用地并造成大量毁坏，国土部门会将案件移送司法机关，依法追究刑事责任。犯罪者可能面临五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。

五、后续监管与信用惩戒

在处罚决定执行完毕后，国土部门会对相关区域进行后续监管，防止类似违法行为再次发生。同时，国土部门还会将违法用地单位和个人的违法信息记入信用档案，实施联合惩戒，限制其在土地供应、融资信贷等方面的行为，以此提高违法成本，促进守法用地。

六、法律救济途径告知

在整个处理过程中，国土部门会告知当事人享有陈述权、申辩权以及申请行政复议或提起行政诉讼的权利，保障其合法权益。

综上所述，国土部门在处理土地违法案件时，会采取多层面、多维度的法律手段，确保土地资源的合法、合规使用。为避免不必要的法律风险和经济损失，建议所有单位和个人在使用土地时务必遵守相关法律法规，确保土地使用的合法性和合规性。