结论：国有土地自建房同一层多间房屋发证是否合法，需结合房屋规划、产权分割、登记程序等要素综合判断，符合法定条件且程序完备的，可以合法发证；反之则可能存在违法情形。 以下是具体分析：

1. 合法发证的核心条件

若同一层多间房屋的发证行为满足以下条件，则属于合法操作：

• 规划合规性：房屋建设需符合当地城乡规划要求（如《城乡规划法》），取得建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证，且实际建设与规划许可内容一致（如层数、面积、用途等）。若房屋存在超建、改建等违规情形，则无法通过合法登记。
• 产权分割合法性：若房屋为共有产权（如家庭共有），需通过合法协议明确各共有人份额（如分家协议、共有产权约定），并经全体共有人同意申请分割登记；若房屋已通过买卖、赠与等方式转移部分产权，需签订合法合同并完成税费缴纳。
• 登记程序合规性：需向不动产登记机构提交完整材料（如土地权属证明、规划许可、身份证明、分割协议等），经审核后依法登记并颁发不动产权证书。登记机构需对材料真实性、合法性进行审查，程序瑕疵可能导致发证无效。

2. 可能存在违法情形的情形

若发证行为存在以下问题，则可能被认定为违法：

• 未取得规划许可或超建：如房屋未取得建设工程规划许可证，或实际建设超出规划许可范围（如增加房间数量、改变用途），属于违法建设，无法通过合法登记。
• 产权分割无依据：若房屋为整体产权且未通过合法协议分割，或分割协议存在无效情形（如胁迫、欺诈），登记机构不得擅自分割发证。
• 登记程序违法：如登记机构未履行审查义务（如未核实规划许可、未公示登记信息），或存在滥用职权、徇私舞弊等行为，发证行为可能被撤销。

3. 实务建议

• 核实规划与产权：若您是房屋所有权人，需确认房屋建设是否符合规划要求，并保留规划许可、竣工验收等材料；若涉及产权分割，需签订书面协议并公证。
• 咨询登记机构：向当地不动产登记中心咨询具体发证要求，了解是否需要补充材料或履行特定程序。
• 维权途径：若认为发证行为违法，可向登记机构提出异议申请，或通过行政复议、行政诉讼等途径主张权利。

提示：国有土地自建房发证问题涉及规划、产权、登记等多领域法律规范，具体操作需结合地方政策及个案情况判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合您的实际情况提供详细解答。