针对您提出的“存疑不起诉后是否还能重新起诉，以及应当采用什么程序”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、存疑不起诉后是否还能重新起诉
是的，存疑不起诉后，如果发现新的证据且符合起诉条件，检察机关是可以重新提起公诉的。这一规定主要依据《人民检察院刑事诉讼规则(试行)》的相关条款，即当检察机关因证据不足、事实不清而作出存疑不起诉决定后，若后续发现了新的证据，且这些证据足以证明犯罪嫌疑人有罪，那么检察机关就有权重新提起公诉。
二、重新起诉应当采用什么程序
启动条件：
- 必须经过后续侦查查清案件事实，获取了确实、充分的证据。
- 公安机关或检察机关、当事人在后续过程中发现新的事实和证据，应将这些材料转交公安机关处理，由公安机关移送至人民检察院并书面建议重新起诉。
审查程序：
- 检察机关对发现新证据的案件，应指派原案件承办人或重新指定人员调取案卷，结合全案进行审查。
- 必要时，检察机关还可以自行补充侦查。
- 经初步审查认为证据确实充分、符合起诉条件的，报经主管检察长、检察长批准或经检察委员会研究决定受理案件，启动重新审查起诉程序。
撤销原不起诉决定：
- 在重新审查案件后，如果检察机关认为新的证据达到确实充分、符合起诉条件，应制作书面审查报告，提请检察委员会研究。
- 经研究认为案件现有证据确实符合提起公诉条件的，应当同时决定撤销原存疑不起诉决定。这一步骤是必要的，因为原不起诉决定已经生效，要重新启动公诉程序，就需要先终止原决定的效力。
重新起诉与庭审：
- 检察机关在撤销原不起诉决定后，应正式向人民法院提起公诉。
- 在庭审过程中，即使发现案件证据不足，也不得撤回起诉。必须经人民法院开庭审理，根据案件事实和证据情况作出判决。
三、相关法律依据与法理分析
- 法律依据：主要依据《人民检察院刑事诉讼规则(试行)》的相关规定，以及修改后的刑事诉讼法的相关条款。
- 法理分析：从法理上讲，对于同一案件，不允许有两种对立的同时又都具有生效效力的决定或者判决存在。存疑不起诉决定兼有实体处分和程序处分两项权能，故重新追诉犯罪嫌疑人或恢复刑事诉讼时，应当撤销原不起诉决定，以避免法律上的矛盾和冲突。
综上所述，存疑不起诉后，如果发现新的证据且符合起诉条件，检察机关是可以重新提起公诉的。在重新起诉的过程中，需要遵循一定的程序，包括启动条件、审查程序、撤销原不起诉决定以及重新起诉与庭审等步骤。希望这些解答能够帮助您更好地理解相关问题。