法院立案后发现存在有效仲裁协议，已申请的财产保全应由法院继续审查并作出裁定，但案件将移送仲裁机构处理，保全措施效力延续至仲裁程序。具体分析如下：

1. 法院对仲裁协议效力的审查义务
   根据《仲裁法》第5条及《民事诉讼法》第127条，法院立案后发现当事人之间存在有效仲裁协议的，应当裁定驳回起诉，并告知当事人向仲裁机构申请仲裁。但需注意：若一方在首次开庭前未对法院受理提出异议，视为放弃仲裁协议，法院可继续审理。

2. 财产保全的效力衔接

   • 保全措施的合法性：法院已作出的财产保全裁定具有法律效力，不受案件移送仲裁的影响。根据《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》第18条，保全措施在仲裁程序中可继续有效，但需由仲裁机构向法院出具函件确认。
     
   • 保全的解除或变更：若被申请人提供充分担保或保全存在错误，法院可依申请解除保全；若仲裁机构认为保全范围需调整，需通过法院裁定变更。

3. 实务操作流程

   • 步骤一：法院在立案后发现仲裁协议的，应立即中止诉讼程序，并书面通知当事人提交仲裁协议原件或复印件。
     
   • 步骤二：法院审查仲裁协议效力（包括约定是否明确、仲裁机构是否存在等），若确认有效，则裁定驳回起诉。
     
   • 步骤三：当事人可持法院驳回裁定向仲裁机构申请仲裁，并同时向法院申请将保全措施移交仲裁机构执行（需仲裁机构出具函件）。
     
   • 步骤四：仲裁机构受理案件后，法院保全措施自动转为仲裁保全，效力延续至仲裁裁决作出或保全解除。

4. 风险提示

   • 时效性：若当事人未在首次开庭前提出仲裁协议异议，法院将继续审理，此时保全措施将随诉讼程序进行，无法再移送仲裁。
     
   • 保全错误责任：若保全因仲裁协议无效或案件不属仲裁范围被撤销，申请人可能需承担被申请人因保全遭受的损失赔偿责任。

建议：若您已遇到此类情况，需立即向法院提交仲裁协议原件，并同步联系仲裁机构启动仲裁程序，确保保全措施无缝衔接。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。