结论：房东将房间租给您后，又用该房间注册公司，这一行为是否合法，主要取决于租赁合同中的约定以及当地的相关法律法规。以下从不同角度为您详细分析：
租赁合同中的约定：
- 若合同中有明确约定：如果租赁合同中明确规定了房屋的使用目的，比如仅作为居住用途，并未允许承租人或房东用于商业注册或经营，那么房东用该房间注册公司的行为就违反了合同约定，属于违约行为。您有权根据合同条款要求房东承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、解除合同等。
- 若合同中无明确约定：如果租赁合同中没有明确规定房屋的使用目的，或者虽然有所提及但并未明确禁止商业注册或经营，那么房东用该房间注册公司的行为可能不构成违约。但即便如此，房东的行为也可能受到当地法律法规的限制。
当地法律法规的限制：
- 居住用途与商业用途的区分：许多地区的法律法规对居住用途和商业用途的房屋有明确的区分。如果房屋原本设计为居住用途，且未经过相关部门的批准变更为商业用途，那么房东用该房间注册公司的行为可能违反了当地的法律法规。
- 注册公司的地址要求：注册公司通常需要提供一个合法的经营地址。如果房东提供的地址不符合当地工商部门的要求，或者该地址已经被其他公司注册使用，那么房东的行为也可能构成违法。
您的权益保护：
- 与房东协商：如果您发现房东用该房间注册公司，且这一行为违反了租赁合同或当地法律法规，您可以首先尝试与房东进行协商，要求其停止违法行为并承担相应的责任。
- 向相关部门投诉：如果协商无果，您可以向当地的房屋管理部门、工商部门或法律援助机构投诉，寻求帮助和支持。
- 法律途径：在必要时，您还可以通过法律途径维护自己的权益，比如向法院提起诉讼，要求房东承担违约责任或赔偿损失。
建议：为了避免类似纠纷的发生，建议您在签订租赁合同时就明确约定房屋的使用目的和限制条件。同时，您也可以定期了解当地的法律法规和政策变化，以便及时调整自己的租赁策略。如果您在租赁过程中遇到任何法律问题或纠纷，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。