当犯罪嫌疑人在检察院阶段选择认罪认罚后，法院的处理流程会遵循一系列严谨且细致的法定程序，以确保案件的公正处理及犯罪嫌疑人的合法权益。以下是对法院处理流程的详细解析：

一、案件接收与审查

1. 接收案件材料： 法院会接收检察院移送的案件材料，包括起诉书、案卷材料、证据以及认罪认罚具结书等。

2. 初步审查： 法院会对接收的案件材料进行初步审查，确认案件是否属于本院管辖，以及案件材料是否齐全、符合法定形式。

二、庭审准备

1. 确定庭审程序： 根据案件的具体情况，如犯罪性质、情节、社会影响以及被告人的认罪态度等，法院会决定适用速裁程序、简易程序或普通程序进行审理。

2. 通知当事人与参与人： 法院会通知被告人、辩护人、公诉人以及其他诉讼参与人参加庭审，并告知他们相关的诉讼权利和义务。

3. 审查认罪认罚的自愿性与真实性： 在庭审前或庭审中，法院会进一步审查被告人认罪认罚的自愿性和真实性，确保其没有受到任何暴力、威胁、引诱等非法手段的影响。

三、庭审过程

1. 宣读起诉书： 公诉人会宣读起诉书，详细列明被告人的犯罪事实、罪名以及认罪认罚情况。

2. 出示证据与质证： 公诉人会出示相关证据，包括物证、书证、证人证言等，以证明被告人的犯罪事实。被告人及其辩护人有权进行质证，提出异议或反驳。

3. 法庭辩论： 在法庭辩论阶段，公诉人会就定罪量刑等问题发表意见，被告人及其辩护人也有权进行辩护。法院会充分听取双方的意见，确保辩论的充分性和公正性。

4. 被告人最后陈述： 在庭审的最后阶段，被告人有权进行最后陈述，表达自己的认罪态度、悔罪表现以及对未来的展望等。

四、判决与执行

1. 作出判决： 法院会根据审理查明的事实、证据以及法律规定，结合公诉人的量刑建议和被告人的认罪态度等因素，对被告人作出判决。判决可能包括有期徒刑、拘役、罚金等刑罚，也可能包括缓刑、免予刑事处罚等非刑罚性处置措施。

2. 宣判与送达： 法院会公开宣判判决结果，并将判决书送达被告人、辩护人、公诉人以及其他诉讼参与人。

3. 执行判决： 判决生效后，对于需要服刑的被告人，法院会将其交付执行机关执行刑罚。同时，法院也会关注被告人的执行情况，确保刑罚的依法执行。

五、特殊情形处理

1. 被告人反悔不认罪认罚： 如果被告人在审判阶段反悔不认罪认罚，法院会根据具体原因进行应对。如果无正当理由反悔，法院可能会坚持原量刑建议或根据案件情况作出相应调整；如果因新事实、证据等合理原因反悔，法院可能会重新审查案件，甚至建议检察院补充侦查或调整量刑建议。

2. 量刑建议调整： 在庭审过程中，如果法院认为公诉人的量刑建议明显不当或需要调整，法院可以与公诉人进行沟通协商，根据案件情况提出新的量刑建议或直接作出判决。

综上所述，当犯罪嫌疑人在检察院阶段选择认罪认罚后，法院会遵循一系列严谨且细致的法定程序进行处理。法院会确保案件的公正审理和判决，同时充分保障被告人的合法权益。