您好，关于您提出的“加盟店收保证金是否合法”的问题，这是一个涉及商业特许经营法律规定的具体问题，下面我将为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，在商业特许经营中，收取保证金是一种常见的做法。保证金通常是总部为确保加盟者会确实履行合约，并准时支付货款等所收取的费用。这种做法在法律上是有依据的，但前提是必须符合相关法律法规的规定。
一、保证金的合法性基础
根据《商业特许经营管理条例》以及其他相关法律法规，商业特许经营是指拥有注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的企业，以合同形式将其拥有的经营资源许可其他经营者使用，被特许人按照合同约定在统一的经营模式下开展经营，并向特许人支付特许经营费用的经营活动。在这个过程中，为了保障合同的履行，特许人（即总部）有权要求被特许人（即加盟店）缴纳一定数额的保证金。
二、保证金的收取条件
合同约定：保证金的收取必须在特许经营合同中明确约定，包括保证金的数额、支付方式、返还条件等。这是保障双方权益的重要基础。
合法主体：特许人必须是拥有注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的企业，企业以外的其他单位和个人不得作为特许人从事特许经营活动。这是确保特许经营合法性的前提。
合理用途：保证金应当用于保障合同的履行，如确保加盟店按时支付货款、遵守经营规范等。特许人不得将保证金用于其他非法或不当用途。
三、保证金的返还
在合同期满且被特许人无违约的情况下，特许人应当返还保证金。这是保障被特许人权益的重要规定。如果特许人拒不返还保证金，被特许人可以通过法律途径维护自己的合法权益。
四、注意事项
审查特许人资质：在选择加盟项目时，被特许人应当严格审查特许人的主体资格，确保其具备合法的经营资源和特许经营资质。
仔细阅读合同：在签订特许经营合同前，被特许人应当仔细阅读合同条款，特别是关于保证金的收取、返还等规定，确保自己的权益得到充分保障。
保留证据：在合同履行过程中，被特许人应当注意保存所有与特许人往来函件的发送证据，如快递单据等，以便在发生纠纷时证明自己的履约情况。
综上所述，加盟店收保证金在符合相关法律法规和合同约定的情况下是合法的。但被特许人在选择加盟项目时应当谨慎审查特许人的资质和合同条款，确保自己的权益得到充分保障。如果您在加盟过程中遇到任何问题或纠纷，建议及时咨询专业律师或相关机构以维护自己的合法权益。