员工虚开普通发票三千元，属于违法行为，用人单位可依据内部规章制度处理，同时该行为可能面临税务机关的行政处罚。具体分析如下：

1. 用人单位的处理
   根据《劳动合同法》第三十九条，员工严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同。若公司规章制度明确将“虚开发票”列为严重违纪行为（如涉及财务造假、损害公司利益等），且该制度已通过民主程序制定并公示，公司可依法解除劳动合同且无需支付经济补偿。
   操作建议：公司需留存员工虚开发票的证据（如发票原件、报销记录、员工承认书等），并确保规章制度合法有效。

2. 税务机关的处罚
   根据《发票管理办法》第三十五条，虚开发票（包括为他人、为自己、让他人为自己或介绍他人虚开）的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；若构成犯罪（如虚开发票罪），则依法追究刑事责任。
   本案中：虚开金额3000元虽未达刑事立案标准（通常为虚开税款数额1万元以上或致使国家税款被骗取5000元以上），但仍可能面临行政处罚，如罚款或没收违法所得。

3. 刑事风险排除
   根据《刑法》第二百零五条之一，虚开发票罪需满足“情节严重”要件（如虚开税款数额较大或造成严重后果）。本案中虚开金额3000元，通常不构成刑事犯罪，但需以税务机关认定为准。

后续建议：

• 用人单位应立即停止员工相关权限，调查虚开发票用途（如是否用于公司报销），若涉及公司财产损失可追偿；
  
• 员工应主动配合调查，退还违法所得，争取从轻处理；
  
• 双方均可咨询税务机关或律师，明确具体处罚幅度及合规整改方案。
  

如有进一步细节（如虚开发票用途、公司制度规定等），可继续向我咨询。