公司法人与实际控制人协议免除责任和法定免除责任（这里假设你问的“和免除责任”主要指法定免除责任情形下的对比，因为单纯说“免除责任”概念太宽泛，结合语境推测核心意图）存在本质区别，主要体现在形成原因、法律性质、适用范围及法律后果等方面。以下从这几个角度详细分析：
形成原因
- 协议免除责任：这是基于公司法人与实际控制人之间的合意形成的。双方通过签订协议，明确约定在某些特定情况下，实际控制人无需承担原本应承担的责任。例如，公司法人与实际控制人签订协议，约定在公司经营过程中，因实际控制人决策失误导致公司遭受一定金额以下的损失时，实际控制人不承担赔偿责任。这种免除责任的方式完全依赖于双方的自主协商和约定。
- 法定免除责任：其形成原因是基于法律的直接规定。当出现法律规定的特定情形时，实际控制人即使原本应承担责任，也可以依法免除。比如，根据《公司法》及相关司法解释，在公司破产清算过程中，如果实际控制人能够证明自己没有过错，且已经履行了忠实和勤勉义务，那么对于公司的债务，实际控制人可能依法免除部分或全部责任。
法律性质
- 协议免除责任：属于民事法律行为中的合同行为。它遵循意思自治原则，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就具有法律效力。双方一旦签订协议，就应当按照协议约定履行各自的义务，否则可能承担违约责任。
- 法定免除责任：是基于法律的强制性规定而产生的。它不依赖于当事人的合意，只要符合法律规定的条件，实际控制人就可以自动获得免责。法定免除责任体现了法律对特定情况的干预和调整，旨在维护公平正义和社会公共利益。
适用范围
- 协议免除责任：适用范围相对灵活，可以由公司法人和实际控制人根据自身的需求和实际情况进行约定。例如，可以约定免除实际控制人在公司经营管理、财务决策、对外投资等方面的责任。但是，协议免除责任的范围不能超出法律允许的限度，不能通过协议免除实际控制人因故意或重大过失给公司或第三人造成损害的责任，也不能免除其依法应承担的刑事责任。
- 法定免除责任：适用范围由法律明确规定，具有严格的限定性。只有在法律规定的特定情形下，实际控制人才能免除责任。例如，在公司破产清算中，实际控制人只有在证明自己没有过错且履行了忠实和勤勉义务的情况下，才能免除责任；在涉及公司环境污染等侵权责任时，实际控制人只有在能够证明自己没有过错的情况下，才可能免除部分或全部责任。
法律后果
- 协议免除责任：如果协议合法有效，当约定的免责情形发生时，实际控制人可以按照协议约定免除相应的责任。但是，如果协议存在无效或可撤销的情形，如因欺诈、胁迫、显失公平等原因签订的协议，公司法人可以请求法院或仲裁机构撤销或确认协议无效，此时实际控制人不能依据协议免除责任，仍需承担相应的法律责任。
- 法定免除责任：一旦符合法律规定的免责条件，实际控制人就可以依法免除责任，无需承担相应的法律后果。但是，实际控制人需要承担举证责任，证明自己符合法律规定的免责条件。如果实际控制人不能提供充分的证据证明自己符合免责条件，那么仍然需要承担相应的法律责任。
在实际操作中，公司法人和实际控制人在签订协议免除责任时，应当谨慎对待，确保协议内容合法合规，避免因协议无效或可撤销而引发法律纠纷。同时，实际控制人也应当了解法定免除责任的情形，在符合条件时及时主张自己的权利。如果你在这方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。