医疗纠纷赔偿协议中代理人性别写错，通常不会影响协议的法律效力，但建议及时更正以避免潜在纠纷。以下是具体分析和建议：

1. 协议效力的核心在于内容而非形式
   根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。性别属于非实质性条款，若协议其他内容（如赔偿金额、支付方式、责任划分等）真实、明确且双方自愿签署，性别错误通常不影响整体效力。但若对方以“性别错误”为由主张协议存在重大瑕疵或欺诈，可能引发不必要的争议。

2. 建议采取的补救措施

   • 协商更正：立即联系对方或其代理人，说明情况并签署补充协议（如《更正声明》），明确“性别错误系笔误，协议其他内容不变”。这是最快捷、低成本的方式。
     
   • 公证或见证：若对方不配合，可共同到公证处或邀请第三方（如医疗机构、调解组织）见证，对原协议中的性别错误进行书面确认，增强证据效力。
     
   • 重新签署协议：若协议尚未履行完毕或涉及复杂条款，建议重新签署一份完整协议，避免后续因细节问题产生纠纷。

3. 特殊情况需注意

   • 若代理人性别与授权委托书、身份证等法律文件不一致，可能影响其代理权限的合法性。此时需优先更正代理文件（如重新出具授权委托书），再处理赔偿协议的性别错误。
     
   • 若协议已进入诉讼或执行阶段，需及时向法院提交更正说明，避免因形式瑕疵影响程序推进。

总结：性别错误本身不必然导致协议无效，但为规避风险，建议尽快通过补充协议、公证或重新签署等方式修正。若涉及代理权限问题，需同步处理相关法律文件。如有具体协议内容或操作疑问，可进一步向我咨询。