针对您提出的“签有保密协议的项目员工离职了怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、员工方面
明确并履行保密义务：
- 离职后，您需继续按照保密协议的约定，对原公司的商业秘密、技术秘密等严格保密，不得向任何第三方披露、使用或允许其使用。保密信息范围广泛，可能包括客户名单、产品研发计划、财务数据等。
- 保密期限由保密协议规定，可能持续至离职后的数年，具体时长需根据协议内容确定。
返还相关资料：
- 离职时，请主动归还所有涉及公司机密的文件、资料、记录、电子数据等，确保没有私自留存。这是履行保密义务的重要一环。
遵守竞业限制（如有）：
- 若保密协议中包含竞业限制条款，您需遵守竞业限制的范围、地域和期限。在竞业限制期限内，不得在与原公司有竞争关系的单位工作或从事相关竞争业务。
- 同时，您有权要求原公司按时支付竞业限制补偿金。若原公司未按时支付达到一定期限（通常为三个月），您可通过法律途径解除竞业限制。
合法合规寻求新工作：
- 在求职过程中，不得将原公司的保密信息作为求职资本或手段。
- 在新单位工作时，也不能使用原公司的保密信息为新单位谋取利益。
维护自身权益：
- 若原公司未按照保密协议约定支付保密费用（如有约定）或其他违约行为，您可通过协商或法律途径维护权益，如申请仲裁或提起诉讼。
二、企业方面
确认保密义务延续：
- 在员工离职时，企业应以书面形式再次明确告知保密协议的有效性和持续约束力，提醒员工继续履行保密义务及违反的法律责任。
办理离职交接：
- 企业应安排专人与离职员工进行工作交接，重点检查并收回涉及公司机密的物品，详细记录交接过程并由双方签字确认。
支付竞业限制补偿金（如有）：
- 若保密协议中约定了竞业限制条款，企业应按约定的时间、金额和方式足额支付补偿金，避免因未支付而导致竞业限制失效。
监督与检查：
- 在保密协议约定的期限内，企业可对离职员工遵守保密和竞业限制的情况进行适当监督，通过市场调查、客户反馈等方式了解是否存在违反约定的行为。
追究违约责任：
- 若发现离职员工违反保密协议或竞业限制条款，企业应及时采取法律措施，如发送律师函、提起仲裁或诉讼，追究其违约责任并要求赔偿损失。
三、法律责任与纠纷处理
- 违约责任：违反保密协议或竞业限制条款的员工可能面临支付违约金、赔偿款等法律后果。
- 纠纷处理：遇到保密协议相关纠纷时，建议优先协商解决；协商不成时，可寻求专业法律帮助，通过诉讼、仲裁等方式维护合法权益。
四、其他注意事项
- 保密费支付：虽然法律未强制企业支付保密费，但如企业有此类约定，员工应留意是否按时足额收到。若未按约支付，可与公司协商或寻求法律途径解决。
- 离职后沟通：离职后，员工应积极配合原单位因保密事宜的沟通，但需注意不能泄露保密信息。
综上所述，签订保密协议后离职是一个涉及多方面法律和合同义务的过程。员工和企业都应充分了解自己的权利和义务，严格遵守保密协议的约定，以确保商业秘密和技术秘密的安全，避免不必要的法律纠纷。希望这些解答能对您有所帮助。