辞退员工的经济补偿金是按照劳动者的应发工资来计算，而非实发工资。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与规定
《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：进一步解释，劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
二、应发工资与实发工资的区别
应发工资：指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。它是劳动者在正常提供劳动的情况下，应得的全部劳动报酬，未扣除任何费用。
实发工资：是劳动者实际到手的工资，即应发工资扣除个人缴纳的社保、公积金、个人所得税等费用后的金额。它反映了劳动者实际收到的收入，但并不能全面反映劳动者的劳动价值。
三、为何以应发工资为计算基数
体现劳动价值：应发工资更全面地反映了劳动者在正常工作时间内的劳动价值，包括基本工资、奖金、津贴等各项收入。以应发工资为计算基数，能够确保劳动者在获得经济补偿时，其权益得到充分保障。
法律规定：如前所述，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》明确规定了经济补偿的月工资应按照劳动者应得工资计算。这是法律对劳动者权益的保障，也是用人单位应遵守的法律规定。
四、具体计算示例与公式
假设员工小李在劳动合同解除或者终止前12个月的应发工资总额为72000元（即每月应发工资6000元），那么他的经济补偿金计算如下：
计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资（应发工资）
五、特殊情况下的处理
如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准：那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准计算。
如果劳动者工作不满12个月：则按照实际工作的月数计算平均工资。
高薪劳动者限制：如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
六、操作建议
对于用人单位：应严格遵守《劳动合同法》及相关法规的规定，确保在经济补偿问题上合法合规。同时，建议在劳动合同中明确约定经济补偿的计算方式，以避免潜在的纠纷。
对于劳动者：在面临被辞退的情况时，应了解自己的权益和应得的补偿标准。如果劳动合同中没有明确约定，应积极主张按照应发工资来计算经济补偿，以维护自己的合法权益。
综上所述，辞退员工的经济补偿金是按照劳动者的应发工资来计算的。这一规定既符合法律法规，也能更全面地保障劳动者的权益。如果您在劳动工伤（工资福利）领域有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。